水环境调节
采用加深、拓宽，疏浚河道、河流改道、开挖新河或修建其它水利工程设施，将水质较好的较大水体，引入城市水系，达到稀释城市水域污染物浓度的作用。水环境调节虽然没有削减 城市污染物总量，但它在活化水环境、改善水域生物生态系统和水环境面貌上有积极作用， 凡有条件进行水环境调节的城市应尽量采用。
截污
利用截污沟保护特定的水体目标，达到被保护水体在截污段不再加重污染。但认为采用了截污方法就能把城市污染控制住的想法是不适当的。因为它只能截住截污沟附近或直接排入被 保护水体的污染源，阻止水质差的支流、地下水进入被保护水体；与此同时，水质较好的地 下水和因在被保护水体和截污沟间形成的水位压差，而使较多水质较好的渗漏水进入截污沟 （反之则倒渗），深隔水墙的成本又太高。因此，截污沟水中的污染物浓度不会很高，可削 减的污染物总量是有限的。截污方法是在权衡截污目的、工程造价、环境条件、截污水出路 、处理方法和处理成本条件下可供选用的方法。
清淤
污染物来源多且坡度缓的水域，通常累积较厚的污泥。有机物百分含量高达二位数，而水 体的CODMn达15毫克/升时，就是国标规定最差的Ⅴ类水了。污泥是水下的污染源库，在气温 变化大或持续高温时，底泥上翻进入水体形成黑臭或造成污染事故。因此，在有较厚污泥堆 积的水域，清除污泥是削减水域污染物、改善水环境的必要措施。
建设船舶污染物集中处理设施
大部分较小船舶没有能力对船舶物（含油废水、生活污水、生活垃圾和其它固体废弃物）进行无害化处理。因此，要按照中华人民共和国水污染防治法实施细则的规定，在港口码头建 设船舶污染物接收与集中处理设施，禁止船舶向水体直接排放污染物（有处理能力的要达标 排放）。但是，至今此项基础设施建设还不能满足船舶污染防治需要。
建设城市污水处理厂
据计算，主要城市的生活排污量已超过工业污染源排放。尤其是在大城市的城区，生活污水COD排放量可占城市COD总量的60%-70%以上。建设有完善管网系统（清污分流）的城市污水处理厂是城市水污染控制的最重要方法。
除上述方法以外，城市水污染控制的方法还有：生物净化、氧化塘处理、控制城市垃圾和其它固体废弃物对水体的污染，为防治水体富营养化禁用含磷洗涤剂和其它水污染防治管理措施。
毫无疑问，城市水污染控制的主要方法应是对城市主要排放源进行直接控制，按其排放量程序，依次为生活排污（建设城市污水处理厂）、工业排污（工业污染源控制与管理）和船舶 污染（建设船舶污染物集中处理设施）。
按照我国规定，各级环保部门是环境保护工作的主管部门；与环保有关的其它部门为分管部门。其中城市污水处理厂建设和船舶污染防治分别由城建部门和交通部门负责。