“器质性”疾病是指多种原因引起的机体某一器官或某一组织系统发生的疾病，而造成该器官或组织系统永久性损害。这就叫做“器质性”疾病。
其特点为：肉眼或显微镜下看到器官、组织结构发生了病理性改变；受累器官功能减退或丧失；病情严重，病程迁延，不易治愈；病灶逐渐扩大，严重者可引起死亡。如肿瘤的发生部位在消化道，就会出现食欲减退、消瘦、乏力、呕血、便血等恶性病质征象；发生在脑部，可因肿瘤的占位而出现头疼、头晕、肢体瘫痪等病变；肿瘤压迫生命中枢，就会有心跳、呼吸停止而死亡。同样，冠心病可因心机缺血、缺氧、梗塞造成实质性损害，产生严重后果。
“功能性”疾病，一般地说，是由支配器官的神经系统的失调引起，组织结构不发生改变，病情轻微，一般不会导致严重后果的临床综合症：如神经官能症，它虽然可以有头疼、头晕、虚弱、失眠等症状，但脑细胞无实质性损害，CT扫描组织正常，显微镜下脑结构无异常变化。
当然，两者的区别并非绝对的，病情可以相互转化。例如，单纯性高血压，初期血压升高是单纯的，心、脑、肾均未受累及，此时为功能性的；但如未经治疗或虽经治疗仍控制不好，血压持续升高，并造成心、脑、肾等器官的实质性损害，那么，此时的高血压便转化成“器质性”病变了。