肛门直肠周围脓肿的手术疗法，是整个治疗的主要手段。
①切开排脓法
a.高位粘膜下脓肿切开法：宜在肛门镜下沿直肠纵轴平行切开直肠内脓肿最膨隆部位。切开时可不用麻醉药，但要注意不要损伤血管，排脓时若无出血，留植胶条引流。若有出血点，应立即止血。
b.骨盆直肠窝脓肿切开法：对肛提肌上的脓肿，不能一次清除干净，防止造成肛门失禁，可由内口经脓腔保留一标志线，待脓净炎症控制后再行第二次手术。
②一次性根治法
a.低位肌间脓肿根治术：采用局部麻醉，一次性切开脓腔及内口，术后换药即可使创面愈合。
b.高位肌间脓肿根治术：麻醉后，寻找到原发病灶及内口，一次切开脓腔，使引流良好。可切断内括约肌。
c.双侧坐骨直肠窝脓肿根治术：麻醉生效后，切开脓肿处的肛隐窝，内括约肌，外括约肌皮下部、浅部及深部，并作放射状切口，使引流通畅，而双侧则可作对口引流，以减少愈后瘢痕。
d.骨盆直肠窝脓肿根治术：宜用切开挂线疗法。