公积金住房贷款和商业银行住房贷款的主要区别如下：
1）住房公积金贷款利率比商业银行住房贷款利率低，五年（含五年）以下公积金贷款年利率为3.78%，商业银行同期个人住房贷款利率为4.95%，五年以上住房公积金住房贷款年利率为4.23%，商业银行同期个人住房贷款利率为5.31%。
2）贷款对象的条件要求不同，公积金贷款对象需要是北京公积金系统公积金缴存人；商业住房贷款不需要是公积金缴存人。
3）对贷款人年龄的限制不同，一般来讲商业银行个人住房贷款有年龄上限，而公积金住房贷款没有年龄的限制。
4）商业银行住房贷款最高可以贷到房屋总价的80%，根据所购住房性质不同，住房公积金贷款可以贷到房屋总价的95%或90%。
5）贷款的担保方式不同，商业银行贷款一般是在房产证抵押登记前采用开发商阶段性连带责任保证担保方式，在抵押登记后采用抵押的担保方式。公积金贷款担保方式主要是北京市住房贷款担保中心提供的连带责任担保。
6）商业银行住房贷款一般需要律师费用、保险费用，而住房公积金住房贷款一般需要担保费和评估费。
7）对单笔贷款最高额度规定不同，一般来说，商业银行住房贷款对单笔贷款最高额度没有规定，而公积金贷款目前最高只能够贷40万，信用等级为AA的最高不超过46万，信用等级为AAA的最高不超过52万。
8）北京住房公积金管理中心为住房公积金贷款的借款人统一向中国太平洋财产保险股份有限公司北京分公司购买了个人抵押商品住房保险。保险融合了财产损失保险和人身意外伤害保险两方面的内容，使借款人免费享受到保险。而一般商业银行住房贷款，借款人无法免费享受这方面的保险。