维生素B12缺乏的原因主要有食物中含量太少、需要量增加、肠道吸收不良和转输障碍等。具体如下：
营养不良：食物中缺少动物蛋白，长期全素食；
生理需要或病理消耗量增加：妊娠、溶血性贫血、感染、甲状腺机能亢进、恶性肿瘤等；
吸收不良：①缺乏内因子：恶性贫血，胃切除后；②肠道疾病：回肠切除后，节段性回肠炎，小肠恶性瘤，肠结核，小肠肉芽肿瘤病变，手术后发生的胃－空肠－结肠瘘或回肠－结肠瘘等；③吸收不良综合征：麦胶肠病，乳糜泻，热带口炎性腹泻；④先天性维生素B12感受器缺乏；⑤寄生虫或微生物占取维生素B12：如短二叶裂头绦虫、憩室细菌感染、肠盲曲综合征；⑥药物影响吸收：新霉素、秋水仙碱、对氨基水杨酸等；⑦肠腔内因素： Zo llinger-Ellison综合征、慢性胰腺功能不全；
转输障碍：转钴胺Ⅱ缺乏。
某些药物的长期使用能影响维生素B12的吸收，其中有新霉素、对氨基水杨酸、秋水仙素、酚六甲烯四胺(降血糖药)、氯化钾等。部分病人的血清维生素B12浓度降低，但罕见发生明显巨幼细胞贫血者。Zollinger-Ellison综合征由于胃分泌盐酸过多，肠道内pH过低，可使回肠粘膜吸收内因子维生素B12复合物有困难。纠正胃酸分泌过多后能改进维生素B12的吸收。慢性胰腺病伴胰功能不全的少数病人也能引起维生素B12吸收障碍。放射性维生素B12吸收试验的后部分显示用猪内因子后不能纠正维生素Bv的吸收。胰浸出物能使种缺陷逆转。这种病人的血清维生素B12浓度虽然降低，但极少有发生巨幼细胞贫血者。