1900年被焚毁的建筑
北京城里的翰林院内墙大部分与英国公使馆北壁紧密相连。英国使馆“墙厚八尺，高二丈有奇”不易攻破，而且“其大可容千人”，所以，在义和拳乱时期的围攻中，英国公使馆内不仅聚集了各国公使及其家眷，而且容纳了大量各地逃到使馆避难的中国教民。几乎所有使馆区内的洋人都认为，这里以翰林院为屏障，是最安全的地方。
1900年6月21日，清政府对外宣战，义和团和清军开始围攻使馆（及西什库教堂）。据包括著名美国来华传教士、记者雷德（GilbertReid，中文名李佳白）和当时法国驻华公使皮雄（MonsieurPichon，中文名毕盛）在内的诸多在华传教士、西方学者、驻华外交官记述，翰林院大火是中国官兵自己点燃的。
甘军首领董福祥点燃了火
6月22日黄昏，清军烧毁英国领事馆东南角邻接的密集民居。次日，清军干脆引火翰林院，试图一举烧毁英国公使馆：“1900年6月23号，清朝甘军首领董福祥的部队在翰林院点燃了火，醉翁之意不在酒，很明显，他期待火势蔓延到毗邻的英国公使馆。”当时藏身使馆的一位美国女教士，安德鲁斯小姐（MaryE·Andrews，中文名安美瑞）记述说：“明显地，煤油被浇到了树上，以便助长火势。”
对翰林院被焚事件最为详细可靠的记载，出自扑笛南姆·威尔（Putnam Weale）的日记，作者当时也是被围困者之一，他以见证当时情况为己任，每天各处观察情况，将亲历目击记成日志，编辑成书，名为《庚子使馆被围记》（IndiscreetLettersfromBeking）。书中中卷第三章1900年6月24的日记写道：“昨日有一放火者，伏行如猫，用其灵巧之手术，将火种抛如翰林院，只一点钟间，众公使居住之地英使馆，顿陷於危险之域。”有说，“中国放火人逃走之时籍树及房屋之掩蔽，一面逃走，一边抛弃烧油之火具，亦有且逃且放枪者。”
当时人的这些记录是否真实呢？公使馆被里的人们，先是被北京城里的烧杀抢掠惊扰，接着被发生在西什库教堂的暴行所震动，然后就被清军、义和团围攻了。翰林院被焚之前的三两天，公使馆区“……炮声日夜不绝，屋瓦自腾，城中皆哭。拳匪助之，巫步披发，升屋而号者数万人，声动天地。”（李希圣《庚子国变记》）“几乎逐日都有大炸炮轰击使馆区的记录，少则一日发射十数炮，多则数面夹攻，处处崩墙倒屋”（《庚子北京事变纪略》），使馆区内躲藏的人们当时已成惊弓之鸟，焉有心情有时间相互串通一气，深谋远虑，在自己的日记或记录中编造？他们又有什么必要引火烧身，焚毁自己相邻的翰林院？
不仅洋人，当时的国人也有记载可作确凿证据：“是晚，台基厂及交民巷东首又起火，一路延长如龙。比利时、奥大利、荷兰及意大利四使馆均被焚，翰林院及吏部等衙门亦被团匪焚毁。”这段记录引自《庚子拳变记日要录》卷三。同样的记录也见于杨典浩的《庚子大事记》。此外在中国广为流传的由日本人汇录、清人刊正的《西巡回銮始末记》卷二“兵匪焚掠京师记”一节，及日本佐原笃介撰写的《拳乱纪闻》也有相同的记述。
中国自毁翰林院出乎洋人意料
洋人低估了中国人对他们的仇恨，也低估了这种仇恨被利用和煽动之后所爆发的野蛮程度，绝没料到，中国人为了攻打使馆竟会焚烧他们自己的翰林院。后来的英国驻华记者、作家弗莱明（PeterＦleming，中文名傅勒铭）在他的《围城北京》一书中说：“许多世纪以来，翰林院……它的大厅和庭院是中华学者精华的聚集地……那里各处有华美的木雕屋檐。外交官们觉察到了这种危险（指被焚毁的危险）。但是他们觉得，中国人对学养、传统和建筑美的崇尚，会阻止他们以任何手段毁灭一个拥有世界上最古老悠久、收藏最丰富的图书馆。”
他们错了。当时躲在英国公使馆内的马丁（LizzerMartin）作了这样的记述：“翰林院是他们所珍贵的文学馆，我们不认为会有什么危险。因为中国人没有必要摧毁它……。”不过这个传教士接下来就记述说，“我们相当耽心敌人会把我们烧死，因为他们自己在这个地方（翰林院）点燃了大火”。扑笛南姆·威尔在《庚子使馆被围记》中也写道：“如谓此地可以放火，吾欧人闻之，度未有不笑其妄者。然今竟何如？在枪声极猛之中，以火具抛入，人尚未知，而此神圣之地，已烟焰上腾矣。”
中国自践神圣，西洋学者愤怒不堪
面对翰林院大火，公使馆内不仅弥漫着惊异的气氛，外国学者尤其为中国人践踏千古文明圣地的野蛮暴行感到震惊。这些学者了解中国传统文化学术的价值，当然也懂得这些珍贵的书籍不仅属于中国，而且属于全世界，是人类精神宝库中的财富，是人类悠久文明的辉煌象征。曾任袁世凯的政治顾问的英国汉学家，当时英国驻华记者毛里逊痛见翰林院在大火中焚毁而记述道：“……灰烬中的大堆的残骸、木本与残枝败叶一齐飞散，装点着这个帝王中国的辉煌书馆的废墟。”此情此景令他极感愤怒：“为了向外国人泄愤雪耻，不惜毁灭自己最神圣的殿堂建筑。而这座建筑数百年来是这个国家及其学者们的骄傲与荣耀所在！对于作出这等事的民族，我们能够作何感想？这是一次辉煌的灾难圣奠。如此亵渎神圣，骇人听闻！”
火势猛烈，几乎没有任何可能抢救翰林院里已经焚燃的典籍，那些没有被焚燃的价值连城、有些甚至从未在皇宫之外面世的古版书籍，被随意抛到院子里，池塘中。此情此景震撼着当时在使馆内避难的西洋人，“公使馆界内的外国学者们在检拾灰烬中残片时，泪水几乎夺眶而出。”
