RAR 和 ZIP 两种格式均支持加密功能。
若要加密文件，在压缩之前你必须先指定密码，或直接在 压缩文件名和参数 对话框中指定。
在 命令行 模式时使用开关 -p[密码]。
而在 WinRAR 图形界面时，要输入密码你可以按下 Ctrl+P 或者是在 文件菜单 选择“设置默认密码”命令。
另一种方式是单击 WinRAR 窗口底部左下角的钥匙图标。在 压缩文件名和参数对话框 里的“高级选项”组中按下“设置密码”按钮输入密码。
和 ZIP 不同，RAR 格式不只允许数据，而且其它的可感知的压缩文件区域：文件名、大小、属性、注释和其它块都可加密。如果你希望这样做，你需要在密码对话框中设置“加密文件名” 选项，或在命令行模式使用 -p[密码] 的开关 -hp[密码]。以这种方式加密的文件，如果没有密码甚至不可能查看文件列表。
当不再需要的时候，别忘了将输入的密码删除。不然你或许又加密了别的压缩文件，但却不希望使用同一组密码。要删除密码时，只需要输入空字符串来替换原先的密码，或者先关闭 WinRAR 并重新启动一次。当有密码存在时，钥匙的图标是红色的，否则它是黄色的。而且，当你使用密码开始压缩操作时，标题栏 压缩文件名和参数对话框 也会闪烁两次。
如果你在 压缩文件名和参数 对话框直接输入它，你不需要删除密码。这不同于其它方式，此类密码仅在单一压缩操作有效，并在完成后它会自动删除。
当解压加密的文件时，开始操作之前你也可以不需要事先输入密码。如果 WinRAR 遇到加密的文件，而解压之前未先输入密码的话，它便会提示用户输入密码。
WinRAR 支持 ZIP 2.0 格式使用私有加密算法。 RAR 压缩文件使用更强大的 AES-128 标准加密。如果你需要加密重要的信息，选择 RAR 压缩文件格式会比较好一些。为了确实的安全性，密码长度请最少要 8 个字符。不要使用任何语言的单词作为密码，最好是任意的随机组合字符和数字，并且要注意密码的大小写。请记住，如果你遗失你的密码，你将无法取出加密的文件，就算是 WinRAR 的作者本身也无法解压加密过的文件。