FAT是为小磁盘及简单的目录结构而设计的文件系统，文件分配表（File Allocation Table，简称FAT）。FAT经历了FAT12，FAT16，FAT32等几个阶段。而NTFS是微软基于NT系统结构开发的一种文件系统。所以FATX经常出现在windows98及以前的系统中，而NTFS则出现在windowsnt4.0及win2000,xp等操作系统中。
其实只要对比FAT32和NTFS就可以知道FAT家族和NTFS的区别了。
1、FAT32是按照硬盘每个分区8G的理想状况来分的，但是实际上分多大还是用户说了算的。在文件存储和读取的过程中，2种文件系统采用了不同的方式。FAT主要就是通过“文件分配表”来对文件进行名称，查找，写入，读取等一系列的操作。而NTFS是通过MFT表来完成的。通俗讲MFT表的功能可以包括FAT操作过程中的几个部分，也就是说NTFS比FAT操作起来直观。（当然这只是白话的理解，实际上太复杂）
2、在文件存储上FAT要比NTFS浪费很多的时间。微软的操作系统规定FAT32是按每簇32K划分的。簇是硬盘空间划分的基础。文件对于簇的占用是独自享有的，即使这个文件只有0.1K，那么它也会占用一个簇，而不会把多余的部分让给其他文件。而FAT16对簇的划分分别是每簇64K，NTFS系统则没簇只有4K，这就造成了空间的浪费。
3、当文件多，磁盘空间变大时，FAT系统就显得力不从心了，因为它管理的文件分配表也越来越大。同时在文件的安全性方面NTFS也有其优势。
当然，优势的体现是需要前提的，要想体现NTFS分区的性能优势，至少和FAT持平的话，电脑要有如下水准：硬盘的转速最好为7200r/s, CPU主频不低于700MHz，内存不少于 256MB，单个分区不小于5GB。
细说还得说半天，以上只是简略的给你说说。嘿嘿。
