辅导期一般纳税人实行“先比对，后抵扣”，即当月认证的增值税进项发票当月不能抵扣，要通过防伪税控系统将认证信息上传至国家税务总局进行比对，比对无误的信息由国家税务总局下发，然后纳税人收到主管税务机关提供的比对无误的信息结果后方可抵扣（一般在认证的下月可以收到比对结果）。
辅导期一般纳税人和其他性质的一般纳税人在增值税的处理上还有一些区别，处理方法仅供参考:
一、帐务处理：在应交税金科目下设“待抵扣进项税额”二级科目。进项税额部分的处理为认证的当月：借：应交税金-待抵扣进项税额 贷：银行存款；次月税务总局比对结果下发后，比对无误进项发票可以抵扣，抵扣时：借：应交税金-应交增值税（进项税额） 贷：应交税金-待抵扣进项税额 。
二、申报表的填制（附表二）填写：对于等待比对结果的进行税额部分,计入“待抵扣进项税额”，并在增值税申报表附表二第24栏“本期认证相符但未申报抵扣”内填写此行内容；
收到允许抵扣的比对结果后，在增值税申报表附表二第3栏“前期认证相符且本期申报抵扣”内填写此内容；
23行“期初已认证相符但未申报抵扣”栏填写上月25行“期末已认证相符但未申报抵扣”栏数额；
相关行次的关系23行+24行-25行=3行。
三、增值税发票的月用量为25份，且只能是千元版（即每张票价款最多开具9999.99元）。如果核定的25份不够用，申请增票时，要用当期已开具的增值税发票的收入合计数依4%的征收率预征增值税。
四、辅导期半年。
