第四十八话：怒りの日
ZAFT军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝色波斯菊的盟主阿兹拉艾尔却主张继续攻击。
在彼此的兵器的恐怖和被煽动的战意驱动下，地球联合军和ZAFT军开始向你死我活的战场发进。
另一方面，吉良等人为了阻止核武器和创世纪继续造成破坏，决定介入地球联合军和ZAFT军的死斗。最终之战的序幕，即将拉开。
第四十九话：终末の光
“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。
在激烈的战斗中，M1 Astray小队成员大半阵亡，使得卡嘉莉的种能力觉醒；禁断高达和灾厄高达相继被赶来协助的决战高达和正义高达击毁；穆所驾驶的强袭高达在与克鲁泽驾驶的天命高达的对决中受损，不得不暂时撤回大天使号。
大天使号和主天使号仍然在持续地互相攻击。娜塔尔不愿意再继续这种毫无意义的战斗，在阿兹拉艾尔举枪威胁下仍然下令全员弃船，结果自己被阿兹拉艾尔射杀。
阿兹拉艾尔单独对大天使号发动了最后的进攻，穆驾驶强袭高达为大天使号挡住了这致命的一击，自己却壮烈牺牲。万分痛苦的玛琉下令击毁了主天使号。
第五十话：终わらない明日へ
感应到克鲁泽的存在的吉良驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮，将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战死。
在与克鲁泽的死斗中，吉良处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，吉良突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被天命高达的浮游炮击毁，芙蕾死亡。
草剃号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金•杜埃要塞内部来破坏创世纪。
陷入疯狂的帕特利克•萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下射杀。
雅金•杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金•杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射，却被卡嘉莉劝阻。
吉良与克鲁泽的死斗也终于到了最后。天命高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽死亡。雅金•杜埃发生爆炸，创世纪同时发射，天命高达首当其冲，自由高达也被波及。
PLANT临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。
在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的吉良。
