“指纹”（fingerprint）作为鉴定起源于19世纪末20世纪初犯罪学和法医学。人的指纹由于生物学上的原因，存在个体的差异。这种差异表现在人身上，体现为指纹具有唯一性的特点，即每个人的指纹（三种基本模式，拱形、环形、和螺纹形）是不一样的，是有特征的。这种特征并不随时间环境的变化而改变，因此，广泛应用于罪犯的识别，特殊证件的制作等。
分子生物学告诉我们，人的基因存在共性，即不同生物种群有其特定的DNA组成，同时个体之间存在差异，这种差异在本质上表现为基因的不同，即DNA组成序列的差异。目前DNA分析技术的日益成熟，用DNA鉴别来判断不同人之间的血缘关系应用已十分广泛，如亲子鉴定，尸体身份鉴别，生物种类判别等。其本质的判别同指纹完全一致，不过由于DNA数目的巨大，相同基因序列数目远比不同基因序列的数目大的多，而且作为生物基本组成的基因，由于其稳定性不可能性有很大的差异。因此其判别选择的对象十分重要，应选择特定的变异性相对较大的DNA片断分析，作为特征性的指纹图谱，实际上是在某个点上判别，这个点的判断不影响整体性。在应用于中药的指纹图谱方面，DNA可以作为种属的鉴别，不同植物之间存在的差异性相对较大，鉴别真假较容易，但动物药相对较难，矿物药则不行。其次，可应用于同种植物间，也就是对不同生物隔离的相同类型植物的鉴别，即产地。不过这二种鉴别是对生物学属性的鉴别，虽不受外界过多的干扰，但植物药的次级代谢产物（多为药用部分），更易受环境的影响，二者之间存在不确定因素。因此，我认为DNA作为指纹图谱可应用于种类的鉴别，但植物类别多，研究不够深入。研发成本非常高，在实际的应用方面有相当的距离。不过从长远看，保护我国中药资源，建立基因库，则有其特殊的作用。
在中药的分析和研究的过程中发现，植物药是多种化学成分的混合体，其药效不是单一的组份能说明的，是多种活性组份共同起作用的，因此单一活性组份的测定和评价不能说明中药质量的好坏，而且目前很多检测的指标成分不具唯一性，将西药检测的理念完全应用于中药存在以偏盖全，割离整体作用的问题。因此将指纹这一概念引入中药分析，将某一方面有特征性的某种分析来表征中药成分的特性。在这里，指纹这一内涵已发生变化，它不象犯罪学中的指纹强调的个体的“绝对唯一性”，也不是DNA指纹中那种内在的遗传学的特性（它即可以是个体之间的“绝对唯一性”，也可以是种群之间的“唯一性”），而是用一定的方法（如HPLC，GC，TLC，HPLC－MS，GC－MS，FTIR，X－ray，UV等），对特定的对象（如中药材，提取物，饮片，注射液等），包括其过程，得到的有特征性的相对稳定的图谱，其可以作为鉴别和质量控制的参照依据。由于中药材的化学成分多是次级代谢产物，易受到产地的环境，气候，耕作等各种因素的影响，不定因素很多，得到有代表性通用的指纹谱实在不易。同时，对相同的对象，采用不同的方法可以得到不同的指纹谱，不能偏废，因为各个方法都有其局限性，只是在实际中某种方法可能更实用，代表性相对强些。
总之，我认为在中药范围内，指纹的内涵还需大家共同探讨，其代表性的图谱（图象）应根据具体对象而定，严格的量化是不切实际的，如何模糊识别才是关键。
