请问如果常对MOTOE680I进行主清除会不会伤机或对系统造成负面影响？

不会的，主清除是将你后来弄到手机里的数据全部清除，出厂时的内部文件被定义为系统文件，主清除是不会受影响的。主复位是把你后来的设置改为出厂时的设置。两个加起来就是把手机弄成刚买来的样子。