安全性是转基因食品生产的最大障碍，是专家们争论最多的话题，是消费者最不放心的环节。转基因食品真的不安全吗？在《条例》出台前后，北京大学、中科院等专家对转基因食品，他们总体的观点基本一致，即转基因食品的安全性问题并不像有些人想象的那么可怕。对这个问题可以争论，但不能因噎废食，在发展转基因食品生产的问题上不能裹足不前。
北大生命科学学院许崇任教授认为，人们对转基因食品的安全性担忧主要有三类：一是转基因食品里新出现的成分对消费者有没有构成威胁，新物质有没有危险；二是转基因技术对人以外的生物有无危害，如抗虫棉作物对人无危害，但棉铃虫减少以后，以之为食的其它生物会受到影响，从而危及生物多样性；三是一些转基因植物的竞争能力非常强，把原有的其它物种排挤掉，也会使生物多样性受到威胁。当然，说起来，对人体健康的影响是目前人们担心最多的。与常规食品比起来，转基因食品究竟有害无害需要进行评价。许崇任教授认为，凡是经批准生产的转基因食品，都进行过安全评价，食用是安全的。当然，他也提醒，毕竟人们食用转基因食品的历史较短，所以也可能存在不安全性，需要进行长期监测。
中科院遗传研究所副所长朱祯研究员认为，安全和不安全只是个相对的概念，任何食品都不能说绝对安全和绝对不安全，转基因技术本身是安全的。我国这次在《条例》中要求转基因食品上市时必须标识，是为了给消费者选择权。转基因食品标识只是为了告诉消费者一个事实，就如同告诉这是猪肉而不是牛肉一样，不喜欢猪肉的人可以选择不吃，但不是说猪肉不安全。朱祯研究员对转基因食品的发展前景非常乐观，他甚至说，没准哪天市场上都是转基因食品的时候，就只需给少量的非转基因食品标识一下了。
专家们在探讨转基因食品安全性问题上认为，不应该人为地把转基因食品与"普通"食品分开。而应看经过基因修饰后，形成的转基因食品的营养成分同常规食品比有何不同，如果没有则是安全的。具体地讲，实质等同评价原则包括营养学评价（转基因以后营养成分有无变化）、毒理学评价（食用后是否导致畸形）、过敏性评价（转基因食品中有无过敏源，一个地区人群长期食用是否安全；基因改变后可能出现新的植物蛋白，可能导致过敏）；其次看转基因食品有没有造成物种基因物质的改变；第三个原则是看新的基因与原有的基因发生改变后对它本身的新陈代谢有无影响；第四是看食用后，对人胃肠道的微生物群有什么影响。
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