名义上是的，但年代久远，应该不是一个种传下来。
自第一代神武天皇起直至第三十三代推古天皇，这33位天皇在日本《古事记》中出现过。但自神武至第十四代仲哀，这14位天皇在历史中无法确认，应该是《古事记》及《日本书纪》 为了完成从神代到人代的过渡而虚构出来的人物，而在仲哀天皇与应神天皇中间填充长达70年历史的神功皇后，也不能说是实际的存在。因此，有着比较真实的存在依据的第十五代应神天皇，应该是号称“万世一系”的日本天皇的真正祖先吧。
此外，第一个应用“天皇”这一称号的，应该是在推古朝摄政的圣德太子。他在遣小野妹子给隋炀帝的国书中写道“东天皇敬白西皇帝”，曾引起过隋炀帝的怒火。之前都以的日本统治者“王”或“大王”作为称呼。我国《宋书·蛮夷传》里所记载的“倭五王时代”中的“倭赞、珍、济、兴、武五王”，即是指自仁德天皇起至雄略天皇止，除履中天皇外的五位日本统治者。
孝德天皇统治的大化年间，以中大兄皇子（即后来的天智天皇）、中臣镰足等人为首的改革派发动了日本历史上从奴隶制到封建制过渡的大化革新。并经过天武、持统跟文武三代，将大化革新未尽的事业加以完成。之后，日本进入了封建社会，日本天皇制也进入了在历史上为期不长的一段鼎盛时期。这一鼎盛时期贯穿了奈良时代，一直到平安时代中期。
奈良时代（710-794年），可以说是女帝称雄的时代。这一时期，先后经历了元明、元正、圣武、孝谦、淳仁、称德、光仁、桓武八代天皇，其中元明、元正跟孝谦（重登基后改称称德）三位均为女皇，在位统治近30年。此外，圣武天皇在位的25年，完全由光明皇后在幕后操纵。而淳仁天皇在位的六年，则由已宣布退位的孝谦女皇掌握实权。因此，这一时代真正由男性掌握权力的只有14年，为光仁天皇跟桓武天皇。
延历十三年（794年），桓武天皇将都城由平城京（即奈良）迁往平安京（即京都），平安时代开始。迁都的那一夜，火树银花，一派祥和的景象，似乎预示着新都平安京能够“万年平安”。
可是，自70年后的平安时代中期开始，皇室颓废，实权外落到藤原氏手中。号称“万世一系”的天皇家族从此走上了衰败的道路，被旁人所操纵。自藤原氏政权起，经历平氏政权、镰仓幕府、室町幕府、丰臣政权、江户幕府，天皇无权这一凄惨的状况一直持续了一千年左右。直到十九世纪江户幕府灭亡，政权才被奉还于天皇。
在藤原氏掌握大权之后，天皇始终无法将权力真正掌握在自己手里。除了藤原氏、平氏跟丰臣氏三个时期是关白摄政外，其余时期的权力都是掌握在幕府将军手里。但不管是实际上也好，还是名义上也好，毕竟因为是日本的最高统治者的缘故，在皇权旁落后的历代天皇中，也有那么一些既不甘心做外戚或幕府政权的傀儡，并且也有一定实力的天皇，为将大权夺还而努力。后醍醐天皇即是其中最有代表性的人物。
继后嵯峨天皇之后，他的两个儿子即后深草天皇跟龟山天皇相继即位，从那时开始，天皇开始分为两个皇统——即后深草一系的持明院统跟龟山一系的大觉寺统。这两派围绕皇位继承问题展开了激烈的争斗。面对这种情况，对皇位继承拥有决定权的镰仓幕府采取不偏不倚的政策，制定了两统交替即位的“两统迭立”方案。按照这一方案，1318年，大觉寺统的后醍醐天皇即位。
后醍醐天皇即位后，立即重用勤王派的大臣，与镰仓幕府展开斗争。各地勤王军纷纷举起讨幕大旗。后来，由投靠后醍醐天皇的幕府武将足利尊氏给予镰仓幕府致命一击。1333年5月，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇将政权握在自己手中，并取我国汉光武帝刘秀消灭王莽、复兴汉室之意，改年号为“建武”，这就是日本历史上的“ 建武中兴”。
然而，由于建武新政权对广大武士阶层采取防范政策，引起各地武士的不满和失望。1335年7月，足利尊氏奏请天皇封他为征夷大将军，未获，愤然离京。次年5月，足利军在凑川大败朝廷的新田义贞军和楠木正成军，攻入京都。8月，足利尊氏拥持明院统丰仁亲王为光明天皇。12月，后醍醐天皇逃入吉野山，并在此再次即位，称为“南朝”，并称京都方面的北朝为“伪朝”。日本进入长达50多年的南北朝时代。
在南北朝时代，虽然北朝的持明院统居住在京都，然而，象征天皇神权的“三神器”——八咫镜、坂琼曲玉和草剃剑却在南朝大觉寺统手里。因此，虽然幕府拥立北朝，但是北朝却并不能算是“正统”。
1392年，在将军足利义满（就是《聪明的一休》里面的那个将军，）的调停下，南朝的后龟山天皇将“三神器”交予北朝的后小松天皇，自己进入京都大觉寺当了上皇。然而，足利义满并没有兑现自己的诺言，即并没有实行“两统迭立”的方案。虽然大觉寺统后龟山天皇的后代们发现上了当，但是为时已晚。于是从后小松天皇开始，历代的天皇均为持明院统的嫡系后代，而大觉寺统的皇族们再也无缘染指皇位。
虽然自藤原氏以来，天皇皇权便已旁落到摄政关白或是幕府将军手中，但使天皇的政治地位跌落至谷底的，是日本历史上最后一个幕府——江户时代德川幕府。
1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等均需征得幕府的同意。《法度》中唯一保留天皇权力的条文只有第八条：天皇有权按“本朝先规”决定年号。于是，无论是形式上还是实际上，皇室的权力完全被幕府所剥夺。
1853年，随着培理舰队的到来，日本锁了两百年的国门被坚船利炮敲开。日本历史的年轮转到了被称为“幕末”的时期。随着倒幕派的烽起，孝明天皇的去世，德川幕府统治走到了尽头。1868年1月，末代将军德川庆喜交出政权，孝明天皇之子睦仁继承皇位，改年号为“明治”，同时发布“王政复古”诏书。从此，天皇重新回到了政治舞台的中心。
1868年11月，明治天皇将都城由京都迁往江户，同时将江户改名为东京。迁都东京后，明治政府大张旗鼓地开始了资产阶级改革，这就是日本历史上重要的“明治维新”。明治维新以后的日本，不再是任由列强欺辱的封建小国，而是本身成为了帝国主义列强之一。对沙皇俄国的宣战以及取得日俄战争的最后胜利，使日本的野心急速膨胀，最终走上了军国主义道路。
1926年，大正天皇没，皇太子裕仁登基，改年号“昭和”。昭和时代初期，日本军国主义的侵略扩张大规模展开。1931年（昭和6年）秋，“九·一八”事变 爆发，日军侵占我国东北。1937年（昭和12年）7月7日，日军挑起“芦沟桥事变”，发动全面侵华战争，抗日战争爆发。同年12月13日，侵华日军占领南京，发动长达6周、惨绝人寰的“南京大屠杀 ”， 约30多万中国军民惨死在侵略者的屠刀之下。1941年（昭和16年），日军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。这一系列战争，给中国、朝鲜、东南亚及太平洋地区的人民带来地狱般的灾难，同时，日本人民也承受着战争所带来的苦难。而昭和天皇裕仁，对于这一系列战争的发动有着不可推卸的责任。1945年（昭和20年）8月15日，日军投降。美军占领日本，改日本专制天皇制为君主立宪制，天皇作为日本的象征被保留下来。
1989年1月7日清晨，昭和天皇去世，前半段伴随着战争的阴影，后半段构建了日本繁荣的基础的昭和时代降下帷幕。同日，皇太子明仁继位，改年号“平成”。
附：日本历代天皇
代数 天皇御号 御名 在位时间
1 神武 神日本磐余彦尊 前660-前585
2 绥靖 神渟名川耳尊 前581-前549
3 安宁 矶城津彦玉手看尊 前549-前511
4 懿德 大日本彦耜友尊 前510-前477
5 孝昭 观松彦香殖稻尊 前475-前393
6 孝安 本足彦国押人尊 前392-前291
7 孝霊 大日本根子彦太琼尊 前290-前215
8 孝元 大日本根子彦国牵尊 前214-前158
9 开化 稚日本根子彦大日日尊 前158-前98
10 崇神 御间城入彦五十琼殖尊 前97-前30
11 垂仁 活目入彦五十狭茅尊，活目尊 前29-后70
12 景行 大足彦忍代别尊 71-130
13 成务 稚足彦尊 131-190
14 仲哀 足仲彦尊 178-200
15 应神 誉田别尊，大鞆和气命 270-310
16 仁徳 大鹪鹩尊，难波天皇 313-399
17 履中 大兄去来穗别尊 400-405
18 反正 多遅比瑞齿别尊 406-410
19 允恭 雄朝津间稚子宿弥尊 412-453
20 安康 穴穗尊 453-456
21 雄略 大泊瀬幼武尊 456-479
22 清宁 白发武广国推稚日本根子尊 480-484
23 顕宗 弘记尊 485-487
24 仁贤 亿记尊，大脚岛郎 488-498
25 武烈 小泊瀬稚鹪鹩尊 498-506
26 継体 男大迹王，彦太尊 507-531
27 安闲 勾大兄广国押武金日尊 531-535
28 宣化 武小广国押盾尊 535-539
29 钦明 天国排开广庭尊 539-571
30 敏达 訳语田渟中仓太珠敷尊 572-585
31 用明 橘丰日尊 585-587
32 崇峻 泊瀬部皇子，长谷部若雀命 587-592
33 推古 额田部皇女，丰御食炊屋姫尊 592-628
34 舒明 田村皇子，息长足日广额尊 629-641
35 皇极 宝皇女，天丰财重日足姫尊 642-645
36 孝徳 轻皇子，天万丰日尊 645-654
37 齐明 飞鸟川原宫 655-661
38 天智 中大兄皇子，天命开别尊 668-671
39 弘文 大友皇子 671-672
40 天武 大海人皇子 673-686
41 持统 ウ野讃良皇女 690-697
42 文武 珂瑠皇子，倭根子丰祖父天皇 697-707
43 元明 阿閇皇女 707-715
44 元正 氷高皇女，新家 715-724
45 圣武 首皇子 724-749
46 孝谦 阿倍内亲王，高野姫 749-758
47 淳仁 大炊王，淡路废帝 758-764
48 称徳 764-770
49 光仁 白壁王 770-781
50 桓武 山部亲王 781-806
51 平城 安殿亲王 806-809
52 嵯峨 神野亲王 809-823
53 淳名 大伴亲王 823-833
54 仁明 正良亲王 833-850
55 文徳 道康亲王 850-858
56 清和 惟仁亲王 858-876
57 阳成 贞明亲王 877-884
58 光孝 时康亲王 884-887
59 宇多 定省亲王 887-897
60 醍醐 敦仁亲王 897-930
61 朱雀 宽明亲王 930-946
62 村上 成明亲王 946-967
63 冷泉 宪平亲王 967-969
64 円融 守平亲王 969-984
65 花山 师贞亲王 984-986
66 一条 怀仁亲王 986-1011
67 三条 居贞亲王 1011-1016
68 后一条 敦成亲王 1016-1036
69 后朱雀 敦良亲王 1036-1045
70 后冷泉 亲仁亲王 1045-1068
71 后三条 尊仁亲王 1068-1072
72 白河 贞仁亲王 1069-1086
73 堀河 善仁亲王 1086-1107
74 鸟羽 宗仁亲王 1107-1123
75 崇徳 顕仁亲王 1123-1141
76 近卫 体仁亲王 1141-1155
77 后白河 雅仁亲王 1155-1158
78 二条 守仁亲王 1158-1165
79 六条 顺仁亲王 1165-1168
80 高仓 宪仁亲王 1168-1180
81 安徳 言仁亲王 1180-1185
82 后鸟羽 尊成亲王 1183-1198
83 土御门 为仁亲王 1198-1210
84 顺德 守成亲王 1210-1221
85 仲恭 怀成亲王 1221-1221
86 后堀河 茂仁亲王 1221-1232
87 四条 秀仁亲王 1232-1242
88 后嵯峨 邦仁亲王 1242-1246
89 后深草 久仁亲王 1246-1259
90 龟山 恒仁亲王 1259-1274
91 后宇多 世仁亲王 1274-1287
92 伏见 煕仁亲王 1287-1298
93 后伏见 胤仁亲王 1298-1301
94 后二条 邦治亲王 1301-1308
95 花园 富仁亲王 1308-1318
96 后醍醐 尊治亲王 1318-1339
97 后村上 义良亲王 1339-1368
98 长庆 宽成亲王 1368-1383
99 后龟山 煕成亲王 1383-1392
100 后小松 干仁亲王 1382-1412
101 称光 躬仁亲王 1412-1428
102 后花园 彦仁亲王 1428-1464
103 后土御门 成仁亲王 1464-1500
104 后柏原 胜仁亲王 1500-1526
105 后奈良 知仁亲王 1526-1557
106 正亲町 方仁亲王 1557-1586
107 后阳成 和仁亲王 1586-1611
108 后水尾 政仁亲王 1611-1629
109 明正 兴子内亲王 1629-1643
110 后光明 绍仁亲王 1643-1654
111 后西 长仁亲王 1654-1663
112 霊元 识仁亲王 1663-1687
113 东山 朝仁亲王 1687-1709
114 中御门 庆仁亲王 1709-1735
115 桜町 照仁亲王 1735-1747
116 桃园 遐仁亲王 1747-1762
117 后桜町 智子内亲王 1762-1770
118 后桃园 英仁亲王 1770-1779
119 光格 师仁亲王 1779-1817
120 仁考 恵仁亲王 1817-1846
121 孝明 统仁亲王 1846-1866
122 明治 睦仁亲王 1867-1912
123 大正 嘉仁亲王 1912-1926
124 昭和 裕仁亲王 1926-1989
125 今上 明仁亲王 1989-
