001 云霄飞车杀人事件
068 黑夜的怪男爵杀人事件（事件篇）
069 黑夜的怪男爵杀人事件（疑惑篇）
070 黑夜的怪男爵杀人事件（解决篇）
096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件
128 黑暗组织10亿抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
309 与黑暗组织的再会（交涉篇）
310 与黑暗组织的再会（追踪篇）
311 与黑暗组织的再会（决死篇）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
425 Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间
462 黑衣组织的魅影 年幼的目击者/2007.01.29
463 黑衣组织的魅影 奇妙的照明/2007.02.05
464 黑衣组织的魅影 谜一样的高额报酬/2007.02.12
465 黑衣组织的魅影 珍珠般的流星/2007.02.19
加上剧场版《通往天国的倒数计时》