我想用VMWare来安装Linux，请问可不可以装在Windows系统目录下？安装在别的盘上会不会Windows无法识别？

理论上安装在哪里都可以。

但是，建议安装在非系统盘。因为如果一旦你重新安装系统或格式化系统盘后，只需要打开已存在的虚拟机文件就可以了，不用再装一遍LINUX了。