大结局
參考答案:其实早就已经有太多提示了，你们竟然视而不见，你们都被坏人的伪装欺骗了。其实黑衣人的真正首脑，就是一直隐藏在柯南他们身边的阿笠博士，Doctor Lee。
我一直以为是毛利叔叔，虽然我很崇拜他，但是那天细心分析后我突然发现，原来真正的凶手竟然是憨厚的：阿笠博士。可能有人早怀疑：
为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦？
为什么新一的父母不关心儿子的情况？
为什么工藤优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落？
为什么阿笠的发明很强但是不出卖，且从来不工作也不缺钱花？
为什么他想要什么资料都能够找到？
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用？
为什么只要柯南他们和阿笠出去野营就会遇到危险？
包括哀的出现都很可疑，当时只说哀晕倒在阿笠家门口。
其实事情是这样的，优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织，以小说家的身份为掩护，秘密调查，发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家隔壁住，并且从小培养新一开车、打枪和推理能力，并派新一和阿笠混熟，想借此侦察一些情报，于是新一在不知情的情况下被利用了。
当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，要不然难道GIN他们是因为喜欢才坐过山车的吗？在吸引新一注意以后，他们假装交易，阿笠扮演的就是那个交易的商人，一切不露痕迹，于是新一也就被他们变成了柯南。于是阿笠顺理成章的成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成为了阿笠手中的人质。
当时新一的父母第一次出现那集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠用柯南作要挟，要他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感觉受骗，受到伤害，只能同意阿立的要求，不再回到曰本。所以你们看优作只有在103 集的时候回过曰本，还是变妆的，不能让阿笠发现。为什么阿笠认识灰原哀的父母？其实APTX-4869就是阿笠和哀的父母联合开发的，而成功以后哀的父母意外身亡。
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用。但是，突然一天，优作和有希子突然潜回曰本，和柯南(103~104集) 秘密接触，让阿笠感觉受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边，那就是哀。灰原其实是APTX-4869的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反，产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生以后，哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选。
为什么柯南从来没有被骚扰过，就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下，根本必要监视。其实警界奇才特别行动人员毛利小五郎，也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击妃英里事件只是借口，所以后来暮目说毛利总把他们引向歧途，其实是毛利掌握了案件的真相，只不过暮目不理解罢了。
毛利和优作两个年富力强的超人侦探，一直跟阿笠及黑衣组织周旋，可怜新一和服部这几个小毛孩子都不知道，还以为自己是什么明星侦探，真的很可笑。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太为晦涩，所以没几个人看出来。其实“阿笠”这两个字，如果拆解成“阿竹立”，用曰文反过来拼写，就是拉丁文里面的“莫里亚帝”，所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授
