（1）司法机关和行政机关都由人民代表大会产生，而这之间没有隶属关系，但存在着监督与互相支持工作的关系。
（2）行政机关主要包括各级人民政府及其职能部门，而司法机关则主要由各级人民法院和检察院构成。至于公安局的性质比较特殊，当其在依据行政法律规范执行行政管理职能时，被认定为是行政机关，而当其依据刑事法律规范行使刑事侦查职能时，被认定为是司法机关。
（3）行政机关行使的是行政管理职权，而司法机关中法院依法行使审判职权，检察院依法行使法律监督职权和一定范围内的刑事侦查职权，公安机关依法行使部分刑事侦查职权。
（4）行政机关实行首长负责制，而司法机关中法院和检察院则实行集体负责制。