应该是按照当地缴纳比率（含个人缴纳比率与公司缴纳比率）乘上一年该员工工资月平均收入或新员工的第一月总收入。上海的比率为公司个人各7%。具体比率咨询当地公积金运用中心。
分录
1、从工资中扣回公积金
借：应付工资 （个人缴纳部分）
贷：其他应付款-住房公积金 （个人缴纳部分）
2、计提公司应缴纳部分
借：管理费用-住房公积金 （公司缴纳部分）
生产成本
经营费用等
贷：其他应付款-住房公积金 （公司缴纳部分）
3、缴纳住房公积金
借：其他应付款-住房公积金 （个人缴纳部分）+（公司缴纳部分）
贷：银行存款 （个人缴纳部分）+（公司缴纳部分）
说明：它的做法与社保相似，个人部份免交个人所得税，基本住房公积金公司缴纳部分可全额税前列支