最大区别：个体户做生意亏了本，你自己得对全部债务负责。有限公司做生意亏了本，可向法院申请破产保护，如你注册公司时的注册资本金为50万，而你欠别人200万元，你只需还50万即可，且受法律保护，别人奈何不了你。
一\最主要的区别就是:
个体户一般是税务机关根据其所在位置\规模\员工人数\销售商品等等来估算你的销售额,然后再给定税.不论当月的收入多少，有无收入都要按定税金额来交税.
而有限公司则是要求企业必须核算健全,要有帐,交税也是根据企业自己申报的收入来交税,有收入就交没有就不交.
二\有限公司一般应交的税种如下:
1、企业一般是根据企业的经济性质和经营业务来确定企业应缴纳的税种和税率；
2、从事生产、销售、修理修配的的企业一般要交增值税，增值税的纳税人分为增值税一般纳税人和小规模纳税人。一般纳税人是指工业年收入能达到100万，商业年收入能达到180万的企业，一般纳税人的税率是17%，可以抵扣购进货物的进项税金；小规模工业企业的增值税税率为6%，商业4%。增值税在国税申报缴纳。
3、从事提供应税劳务（餐饮、服务、广告、运输、咨询等等）、转让无形资产或销售不动产的企业要缴纳营业税。营业税的税率根据行业不同，从3%到5%，个别的行业20%，如网吧等。营业税在地税缴纳。
4、企业所得税：是针对企业利润征收的一种税，基本税率是33%，另有两档优惠税率18%、27%。应纳税所得额（即税务机关认可的利润）在十万以上33%的税率，三万以下18%税率，三至十万27%。企业所得税有两种征收方式：核定征收与查帐征收，查帐征收是根据企业的申报的收入减去相关的成本、费用算出利润后再根据利润多少乘以相应的税率，算出应纳税金。核定征收就是不考虑你的成本费用，税务机关直接用收入乘以一个固定比率（根据行业不同），得出的数就作为你的利润，然后再根据多少，乘以相应税率。核定征收一般适合核算不健全的小型企业。2002年1月1日以后成立的企业，企业所得税在国税缴纳。（个人独资企业不缴纳企业所得税，而是在地税缴纳个人所得税）。
5、此外企业还交纳一些附加税和小税种。城建税和教育费附加是增值税和营业税的附加税，只要交纳了后者就要用交纳数作为基数乘以相应税率缴纳附加税。城建税根据企业所在地区不同，税率分为7%（市区）5%（县城镇）1%（其他），教育费附加税率是3%。小税种包括印花税、房产税等，此外还要代扣员工的个人所得税等。这些附加税和小税种都是在地税交纳
