当时，美政府已发现其有关部门在上报庚子之乱的损失之中，有“浮报冒报”的现象。于是向清政府减少了约1千万两白银的赔款。留下的那部分“实应赔偿”，内容包括美国出兵中国的军费赔偿及美在华商人与传教士的损失赔偿。
为什么美国人想用退赔的庚款办学呢？美国伊里诺大学校长詹姆士在1906年给罗斯福的一份备忘录中声称：“哪一个国家能够做到教育这一代中国青年人，哪一个国家就能由于这方面所支付的努力，而在精神和商业上的影响取回最大的收获。”“商业追随精神上的支配，比追随军旗更为可靠。”因此他敦促美国政府采取措施通过吸引中国留学生来造就一批为美国从知识和精神上支配中国的新的领袖。
1908年时，中美双方商定，在北京由清政府外务部负责建立一所留美训练学校。于是，1909年6月，北京设立了游美学务处。这就是清华大学的雏形。1909年8月，内务府将皇室赐园---清华园，拨给学务处，作为游美肆业馆的馆址，学务处在史家胡同招考了第一批学生，从630名考生中，录取了47人，于10月份赴美。这就是后来庚款留美学生的由来。
1910年8月又举行了第二次招考。400多人应考，最后录取了70人。这第二批庚款留美学生中，后来出了一个大名鼎鼎的胡适，他当年考了个第55名。同榜中还有后来的语言学家赵元任、气象学家竺可桢等。1911年初，利用庚款而专门为培养赴美留学生的清华学校正式成立。在此后十多年间，据统计，由清华派出的留美学生就达1000多人。1928年8月17日，清华学校改名为清华大学，罗家伦出任校长。那一年开始公开招考留美公费生。1933年，又开始公开招考第一批庚款留英学生。
美国的两次退款，产生了很大的国际影响。加上第一次世界大战后，中国也涉足于战胜国的地位，各国都表示愿与中国“友好”，以便用和平的办法维护和扩张其在华利益。所以都紧步美国的后尘，纷起退款。
