1947年11月联合国大会通过巴勒斯坦分治决议，规定耶路撒冷为国际化城市，由联合国管理。第一次中东战争结束后，耶路撒冷被阿以双方的停火线由北向南切割为东、西两个部分，东区被约旦（当时叫外约旦）占领，西区被以色列占领。以色列建国后，宣布西耶路撒冷为首都。1967年以色列夺取东耶路撒冷。1980年，以色列议会通过法案，宣布耶路撒冷是以色列永久、不可分割的首都。
巴勒斯坦自20世纪60年代就宣称耶路撒冷是巴勒斯坦领土的一部分，以色列必须全部放弃。1988年，巴解组织发表的独立宣言将耶路撒冷定为巴勒斯坦国首都。
1947年11月联合国大会通过第181号决议，决定在巴勒斯坦地区建立一个“犹太国”和一个“阿拉伯国”，并将巴勒斯坦地区2．7万平方公里土地中的1．52万平方公里划给“犹太国”，其余的1．115万平方公里划归“阿拉伯国”。1948年5月14日，以色列宣布在“犹太国”的疆域内建国，“阿拉伯国”却因阿拉伯国家反对分治决议而没有成立。5月15日，第一次中东战争爆发，以色列吞并了属于“阿拉伯国”的土地5700多平方公里。1967年第三次中东战争中，以色列又夺取了约旦河西岸、加沙和东耶路撒冷，彻底占领了全部“阿拉伯国”领土。
联合国安理会1967年11月通过的第242号决议和1973年10月通过的第338号决议均要求以色列归还在第三次中东战争中占领的巴勒斯坦领土。自马德里和会以来，巴解组织同以色列签署的一系列协议都重申，以1967年战争爆发前的停火线为巴以未来边界。但是，以色列一直不愿意完全按照协议规定归还巴勒斯坦被占领土。
以色列是世界上唯一以移民定居而形成的国家。1967年第三次中东战争结束后，以色列政府开始在约旦河西岸和加沙地带修建定居点。根据巴方1999年的统计，30多年间，以色列在巴勒斯坦领土上共建定居点200个。在巴以和谈中，巴方要求以色列拆除在加沙和约旦河西岸所有的定居点。而根据沙龙的“单边行动计划”，以色列只准备拆除加沙地区的全部21个和约旦河西岸的4个定居点。
50多年的巴以冲突制造了波及整个中东地区的巴勒斯坦难民问题。据联合国难民事务高级专员署统计，目前巴勒斯坦难民总数接近350万，除约旦河西岸和加沙地区外，主要分布在约旦、黎巴嫩和叙利亚。这些难民能否回归、回归多少将涉及巴勒斯坦、以色列等中东相关国家的民族构成、人口比重和社会安全等重大利益。在巴以和谈中，以色列反对巴勒斯坦难民回归。
巴勒斯坦地区60％以上属于干旱和半干旱地区，包括地表水、河流和地下水等可再生水资源总量估计为20亿立方米。在数量上，以色列占有和消耗全部水资源的80％，巴勒斯坦自治区只能享用剩余的20％。另外，巴以关于水资源分配还涉及边界划分、犹太人定居点前途等问题。因此，以色列反对彻底同巴勒斯坦进行水资源再分配，主张共同管理水资源，以保证以色列水资源安全不受威胁。巴勒斯坦则坚持收回所有加沙和约旦河西岸水利设施的所有权，拒绝接受同以色列共同管理水资源。
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