理论上是没有区别。但实际操作上往往有所不同。
首先在出身方面。很多企业形成了一种观念，就是总部招聘的在感觉上更正统，“流淌着王室的血液”。而分公司招聘的则是偏房的孩子。
其次在待遇方面。正因为出生不同，那么延伸的职业发展也就有明显差异，总部招聘的员工由于在高层的挑选下得到发展机会，那么他在企业的一举一动都有机会被高层关注到，而分公司招聘的员工由于没有经过总部检验，意味着他就需要付出更大的努力才能有机会“面圣”。
最后，很严肃的法律问题是，分公司招聘的员工在没有得到总部承认之前，很多没有获得应有的劳动保障。
——这也是我们很多企业官僚体制下造成的人才惨剧。