FAT32
一种从文件分配表（FAT）文件系统派生而来的文件系统。与FAT相比，FAT32能够支持更小的簇以及更大的容量，从而能够在FAT32卷上更为高效的分配磁盘空间。
NTFS文件系统
一种能够提供各种FAT版本所不具备的性能、安全性、可靠性与先进特性的高级文件系统。举例来说，NTFS通过标准事务日志功能与恢复技术确保卷的一致性。如果系统出现故障，NTFS能够使用日志文件与检查点信息来恢复文件系统的一致性。在Windows 2000和Windows XP中，NTFS还能提供诸如文件与文件夹权限、加密、磁盘配额以及压缩之类的高级特性。
NTFS格式XP推崇使用。可以有效的减少使用磁片，有效的利用空间。安全性高。这个是优点。缺点是就在普通DOS下看不见。看见的C盘实值上是D盘。还有就是重做系统想格式C盘类烦。但XP装系统下可以。
FAT32优点方便
NTFS和FAT32的区别就是：NTFS格式可以解压4G以上的文件
现在一般都是用NTFS