中央官制
魏，晋王朝都是由手握军事力量的权臣逐步建立起来的他们有一批手下人物，组成一套机构，完全在正规官制以外，自由行使职权。因为这是一个非常时期，军、民、财不再各成系统，只要为了军事上的便利，都可以打破常规。自从魏晋开此先例，直到南北朝，一般制度都是由临时措置而逐渐成为习惯的。历史上称这些权臣所独自掌握的政权为“霸府”。霸府的中心人物就是幕僚与将领。及至霸府变为王朝，幕僚组成的机构就变为行政中枢，将领所统率的武力就变为常设的军队。而这两者之间又是没有严格界限的，所以形成了一种军事与政治合一的局面。这是晋南北朝职官的特异之处。
一、丞相与八公
以中枢官而论，晋初不置丞相。惠帝永康元年（公元300年），改司徒为丞相。永宁元年（公元301年），罢丞相，复置司徒。其后，宋，齐，梁，陈各朝，司徒与丞相（相同）废置不一。
《通典·职官三》云：晋惠帝永宁元年，置丞相，复置司徒。（元帝）永昌元年（公元322年），罢司徒，而丞相则与司徒不并置矣。其后或有相国，或有丞相，省置无恒。而中书监令，掌管机要，多为宰相之任，自魏晋以来，相国、丞相多非寻常人之职……宋孝武帝，初唯以南郡王义宣为丞相，而司徒府始如故，亦有相国。齐丞相不用人，以为赠官。梁罢相国，置丞相；罢丞相，置司徒。陈又置相国，位列丞相上，与丞相并为赠官。
晋之丞相如赵王伦、梁王彤、成都王颖、南阳王保以及王敦、王导等人，都是独揽大权。他们上胁天子，下压群臣，不遵守寻常人臣的职分。这种情况是汉末曹操当丞相以来所造成的。从东汉到魏晋南北朝，有一种共同的特殊现象，就是宰相无定员，无定名，也无定职。两晋诸王及王敦、王导等人任“丞相”，皆因人而设，并非定职，有时在制度上不设这种官，而在习惯上有这种官。但是，其中有一点是可以肯定的，即凡是真正总揽大权的，都必须加上录尚书事的称号。因为其他宰相，可能不处理日常公务，也可能不问小事，录尚书事则是一切公文都必须经他审阅，即使是威望极重的权臣，也不能不兼此称号，才能保证事权的高度集中。
丞相以下，有所谓八公。《晋书·职官志》说，晋武帝即位之初，“以安平王（司马）孚为太宰（避司马师讳，改太师为太宰），郑冲为太傅，王祥为太保，义阳王（司马）望为太尉，何曾为司徒，荀■为司空，石苞为大司马，陈骞为大将军，凡八公同时并置”。“所谓八公同辰，攀云附翼者也。”这“八公”在政治上的地位如何？《晋纪总论》六臣注说：“皆萧然自放，机尔无为，名称摽著、上议以正朝廷者，则蒙虚谈之名”。实际是空有其名，等同虚设。像这种无事可做的官、属官却不少，有长史、西阁、东阁祭酒、西曹东曹掾、户曹、仓曹、贼曹属各1人，每曹皆置御属、令史，学干。保卫诸“公”的，有武贲12人。这些都是不必要的机构和不必要的人员。八公之置，只是为了遵崇世族中门望特高的人而已。
八公以下有“位从公”，这是曹魏的旧制。凡是开府仪同三司，都是位从公。开府仪同三司有骠骑、车骑、卫将军、伏波、抚军、都护、镇军、中军、四征、四镇、龙骧、典军、上军、辅国等大将军。若是左右光录大夫、光录大夫开府治事的，都算是位从公。所谓“开府”，是指开设府第，设官置吏；仪同三司是说仪仗同于太尉、司徒、司空。
八公及开府位从公者，品秩第一。骠骑以下及诸大将军，既不开府，又非持节都督者，品秩第二。东晋元帝建武初置督军御史，以都督诸军为上，监诸军为次，督诸军为下。持节将军以使持节为上，持节为次，假节为下。使持节有权杀二千石以下之官；持节有权杀无官位的平民，若在用兵作战时，得与使持节同。假节只能诛杀犯军令的人。
二、三省官制
尚书省
晋尚书省的组织比东汉更为严密。有以太傅“录尚书事”大权独揽，称为“录公”。另设“尚书令”，为尚书省的首官，秩千石。《晋书·职官志》云：“始贾充为尚书令，以目疾表置省事吏四人，省事盖自此始。”尚书省的次官是仆射，秩千石。
《晋书·职官志》云：建安四年（公元199年），以执金吾荣为尚书左右仆射，仆射分置左右，盖自此始。经魏至晋，迄于江左，省置无恒，置二，则为左右仆射，或不两置，但曰尚书仆射。令阙，则左为省主，若左右并阙，则置尚书仆射以主左事。
就行政部门而论，汉代的尚书粗具分曹办事的规模。西汉初年分为四曹，通掌图书、秘记章奏之事，其一为常侍曹，主丞相御史公卿事；其二为二千石曹，主刺史郡国事，其三为民曹，主吏民上书事，其四为主客曹，主外国夷狄事。汉成帝时，又置三公曹，主断狱，成为五曹。至东汉光武帝时，以三公曹主岁尽考课诸州郡事，改常侍曹为吏部曹，主选举祠祀事；民曹主缮修功作盐池园苑事；客曹主护驾羌胡朝贺事；二千石曹主辞讼事；中都曹主水火盗贼事，合为六曹。加上尚书令，仆射，合称“八座”，这些只不过是为了处理公文的便利而已，没有真正行政实权。曹魏有五曹，即吏部、左民、客曹、五兵、度支，加上尚书令和两仆射也称“八座”。晋置吏部、三公、客曹、驾部、屯田、度支六曹，而不设五兵。晋武帝咸宁二年（公元276年）省驾部。四年省仆射，又置驾部，太康中，有吏部，殿中及五兵，田曹、度支、左民六曹，无驾部、三公、客曹。晋惠帝时，增置右曹，但也称为六曹，此时省何曹，史籍记载不清楚。东晋时，有吏部、祠部、五兵、左民、度支五尚书。祠部尚书常与右仆射通职，没有固定设置，经常以右仆射兼任祠部尚书；如右仆射缺，则以祠部尚书代行其职。此外，还有左右丞。
《晋书·职官志》载：左右丞，自汉武帝建始四年置尚书（按：汉武帝无建冶年号，建始乃汉成帝年号，疑误），而便置丞四人。及光武始减其二，唯置左右丞，左右丞盖自此始也。自此至晋不改。
晋左丞主管尚书台内禁令，宗庙祠祀，朝仪礼制、选用署吏，给假（给，《晋书·职官志》作“急”。此据《御览》卷213引《晋书·百官表志注》，《职官分纪》八引本志也作“给假”）。右丞掌尚书台内库藏庐舍，所有器用之物及廪赈民户租布、刑狱兵器、督录远道文书、章表奏章等事。又有尚书郎，
《晋书·职官志》说：尚书郎，西汉旧置四人，以分掌尚书。其一人主匈奴单于营部，一人主羌夷吏民，一人主户口垦田，一人主财帛委输。及光武分尚书为六曹之后，合置三十四人，秩四百石，并左右丞为三十六人。郎主作文书起草，更直五日於建礼门内。尚书郎初从三署诣台试，守尚书郎，中岁满称尚书郎，三年称侍郎，选有吏能者为之。
魏尚书郎有：殿中、吏部、驾部、金部、虞曹，比部、南主客、初部、度支、库部、农部、水部、仪曹，三公、仓部、民曹、二千石、中兵、外兵、都兵、别兵、考功、定课，共23郎。魏明帝青龙二年（234年），尚书陈矫奏置都官、骑兵、合25郎。晋武帝时，罢农部、定课，置直事、殿中、祠部、仪曹、吏部、三公、比部、金部、仓部、度支、都官、二千石、左民、右民、虞曹、屯田、起部、水部、左右主客、驾部、车部、库部、左右中兵、左右外兵、别兵、都兵、骑兵、左右士以及北主客、南主客，共三十四曹郎。以后又置运曹，合三十五曹，置郎
