历史沿革吉林大学边疆考古研究中心的前身是成立于1986年的吉林大学中国北方考古研究室，由著名考古学家张忠培教授担任研究室主任，主要从事我国内蒙古长城地带以及东北、西北边疆及其毗邻地区的考古学研究工作，取得了不少突出的成就，受到国内外学术界的瞩目。
20世纪90年代初以来，研究室根据自身的学科优势，把以东北及东北亚地区考古为核心内容的中国边疆地区考古学、人种学、环境学综合性研究作为主要研究方向，承担了大量的边疆考古田野发掘和许多项重要课题的研究任务，在国内外学术界产生了积极的影响。1996年经吉林大学校领导批准，将中国北方考古研究室更名为东北亚考古研究所，内含三个研究室：史前考古研究室、历史考古研究室和人类学研究室。
1998年，研究所与吉林大学生命科学学院采用文理交叉、相互渗透的方式，联合组建起国内第一个从事古人骨DNA研究的专业实验室—吉林大学考古DNA实验室，并获得国家自然科学人才培养基金重大课题“自然科学方法在考古学中的应用”的立项资助。1999年，我们承担了国家文物局边疆考古（新疆部分）专题项目“新疆古代人类的体质人类学研究”的任务，重点研究新疆地区古代居民的种族类型与DNA。
1999年10月，组建吉林大学边疆考古研究中心，下设史前考古研究室、历史考古研究室、人类学研究室、考古DNA实验室等四个研究机构以及办公室、资料室、人类学实验室、环境考古实验室、计算机考古实验室等附属部门。
2000年9月，经教育部批准，吉林大学边疆考古研究中心入选教育部普通高校百所人文社会科学重点研究基地的行列。目前中心学术顾问由国务院学位委员会历史学科评议组成员、国家社科基金项目考古学科评审组成员、教育部高校古籍整理工作委员会委员、吉林大学博士生指导教师林沄教授担任；中心主任由吉林省省管优秀专家、吉林省考古学会副理事长、吉林大学文学院副院长、博士生指导教师朱泓教授担任。
经过2年来的重点建设，研究中心在梯队建设、人才培养、科学研究、学术交流、资料信息和咨询服务等方面的工作又有了长足的进展，已形成了一支“老中青”相结合、人文科学与自然科学相结合、校内外专兼职人员相结合、结构合理的学术队伍，在中国边疆考古领域的综合研究实力方面居国内领先、国际先进地位。目前，中心教学、科研、学科建设条件齐备，拥有考古学及博物馆学、生物化学两个博士点和历史学博士后流动站以及国家基础科学研究和教学人才培养基地，此外，他们的东北边疆考古课题还被列入国家“211工程”重点学科建设项目。近年来，他们就边疆考古课题与海内外许多大学和科研院所展开广泛的合作研究，其中主要包括：中国社会科学院考古研究所、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、香港特别行政区古物古迹处、台湾“中央研究院”历史语言研究所、日本九州大学、美国匹兹堡大学、加州大学、威奇塔大学、以色列希伯莱大学和俄罗斯科学院西伯利亚分院等单位。吉林大学的边疆考古研究工作受到国内外同行学者们的密切关注。
机构组成中心主任： 朱 泓 教授 博士生导师
中心副主任：滕铭予教授 博士生导师
主任助理： 彭善国 副教授
办公室主任： 刘艳 （兼研究生秘书、科研秘书）
资料室： 李晓笛
史前考古研究室： 主任赵宾福
历史考古研究室： 主任魏存成
人类学研究室： 主任 朱 泓
考古DNA实验室： 主任 周 慧
中心专职人员林沄
1939年生，福建闽侯人，吉林大学教授、博士生导师。中国史学会理事、中国考古学会理事、中国古文字研究会理事、国务院学位委员会史学评议组成员、国家社科基金项目考古学科评审组成员、教育部社会科学委员会委员、教育部历史学教学指导委员会委员、高校古籍整理研究工作委员会委员、吉林省社会科学联合会副主席。
魏存成
1945年生，河北平乡人，汉族，教授、博士生指导教师。曾任吉林大学考古学系副主任、主任。吉林大学“东北历史与疆域研究中心”主任，中国社会科学院“东北边疆历史与现状系列研究工程”专家委员会成员，吉林省“高句丽研究中心”专家委员会成员。1996年被批准享受国务院政府特殊津贴。
霍巍
男，汉族，1957年2月出生，四川成都人。现任四川大学博物馆馆长、历史文化学院副院长、教授、博士生导师，中国藏学研究所所长，"西藏考古与藏族文化艺术研究"方向学术带头人。1978～1982年在四川大学历史系读本科，毕业获学士学位；1982～1985年在四川大学历史系读研究生。
齐东方
北京大学考古文博学院教授、博士生导师。1982年毕业于吉林大学考古专业，获历史学学士学位；1984年毕业于北京大学考古系，获历史学硕士学位；1992年获北京大学历史学博士学位。主要从事汉唐考古、中亚考古、美术考古研究。曾授课程：三国两晋南北朝隋唐考古、汉唐考古研究。
王巍
王巍教授于1982年2月由吉林大学历史系考古专业毕业被分配至在中国社会科学院考古研究所夏商周考古研究室工作。1995年1月以《从中国看邪马台国和倭政权》一书获得日本九州大学文学（人文）博士学位。
科研成果夏家店下层文化时空框架及其与北方诸青 王立新
肇源白金宝考古学报告 朱永刚
东北亚地区古代居民种族类型的比较研究 朱 泓
渤海考古学 魏存成
秦文化起源及相关问题 滕铭予
