自隋起，朝廷在淮安楚州设漕运专署，宋设江淮转运使，东南六路之粟皆由淮入汴而至京师，明清在这里设总督漕运部院衙门，以督查、催促漕运事宜，主管南粮北调、北盐南运等筹运工作。
淮安特殊的地理位置，促进了淮安的繁荣，特别是商业十分发达。漕运总督机关设在这里，驻有大批理漕官吏、卫漕兵丁。漕船到达这里后，需接受漕台衙门的盘查，千万艘粮船的船工水手、漕运官兵在此停留，南来北往的商人在此进行货物交易，旅客也在此盘桓，更加之在这里设常盈仓两处、常平仓两处、预备仓三处、庄仓五处……更大大提高了淮安的商品需求量，促进了商业的发展。当时这里城内外店肆酒楼鳞次栉比，“市不以夜息”，十分繁盛。正如邱浚诗曰：“十里朱旗两岸舟，夜深歌舞几时休。扬州千载繁华景，移在西湖嘴上头。”
总督漕运部院衙门是朝廷的派出机构，总督都由勋爵大臣担任，明景泰二年(1451年)始设漕运总督于淮安，与总兵参将同理漕事。明陈王宣、李肱、李三才、史可法；清施世纶、琦善、穆彰阿、思铭、杨殿邦等人都先后在这里任过漕运总督之职，漕运总督权力显赫，不但管理漕运，而且还兼巡抚，因此也称漕抚。部院机构庞大，文官武将及各种官兵达270多人；下辖储仓、造船厂、卫漕兵厂等，共约20000多人。 部院衙门始建于宋乾道六年(1170年)，由录事陈敏兴修，元为淮安路总管府，元三十年(1293年) 阿思重修，明洪武元年(1368年)淮安知府范中政建淮安府署，洪武三年(1370年)知府姚斌改为淮安卫指挥使司，成化五年(1469年)通判薛淮重修，嘉靖十六年(1537年)督御史周金在城隍庙东新建督察院，隆庆五年(1571年)知府陈文烛将此重修，万历七年(1579年)都御史云翼将淮安迁往城隍庙东，移总督漕运部院于此。
当时，建筑规模宏伟，有房213间，牌坊3座，中曰“重臣经理”，东西分别曰：“总共上国”、“专制中原”。中轴线上分设大门、二门、大堂、二堂、大观堂、淮河节楼。东侧有官厅，书吏办公处、东林书屋、正值堂、水土祠及一览亭等。西侧有官厅、百录堂、师竹斋、来鹤轩等。大门前有照壁，东西两侧各有一座牌坊。以上建筑，皆毁于上世纪40年代。房基、础石仍存。更值得一提的是衙门前有一对纤尘不染全国罕见的白矾石的石狮。据说是元代波斯(今伊朗)进贡的两对艺术价值极高的石狮，一对运送京都，一对被国舅留在淮安。可惜这对石狮在“文革”中被当成“四旧”砸成碎片。
