上海海事大学航海科学研究所成立于1984年，属商船学院航海领域的科学研究和学科建设基地。现有专、兼职研究人员三十多名,其中正教授5名,船长6名,副教授10名,电脑和软件工程师8名， 其它各类专业人才若干名，可以保质保量地完成预定的各类科技任务。
主要研究方向有：航海电子系统设计；航海模拟系统开发；航海应用软件设计；航海安全保障；自动导航；航道工程应用分析、港口安全航行论证、港口安全应急方案研究、港口通航密度研究、海事事故仿真等。
主要研究项目和成果有： 船舶操纵模拟器、船艇综合训练模拟系统、船舶进出港实施方案论证、港口安全航行论证、码头工程方案论证、港口交通管理系统设计、城市三维虚拟视景仿真、全球船位跟踪管理系统、航海雷达导航模拟器、海事数据管理系统、航道论证系统，船舶自动识别系统应用、综合船桥系统应用、电子海
图信息显示系统、航海试题库与组卷系统等。
近3年完成科研项目30多项，研制总经费计达3000多万元。研究成果获得军队科技进步一等奖1项，交通部科学技术进步奖3项，上海市优秀教学成果一等奖1项。上海市优秀发明一等奖1项。学术论文获中国航海学会优秀论文特等奖一项，二等奖4项、三等奖3项。研究所以交通部部重点实验室“航运仿真中心”为实（试）验基地，拥有“大型船舶操纵模拟器”、“GMDSS模拟器”“航海雷达模拟器”等大型先进实验设备，价值达1200多万元。商船学院其他实验室如导航实验室、雷达实验室、电航仪器实验室等在项目研究中发挥重要作用。目前，正在加紧和加强研究型实验室建设工作，已由交通部、上海市和上海海事大学等单位投资2000多万元，建设“全功能船舶操纵模拟器”、“综合数字船桥（IBS）模拟器”、“航行数据记录（VDR）系统”等实验室，以进一步提高科学研究和技术开发的水平。研究所同时以“载运工具运用工程”博士点、“交通信息工程及控制”和“载运工具运用工程”硕士点为学术研究和人才培养平台，为技术储备、创新和人才培养、提高提供了强有力的保障。
