花莲溪发源于台湾岛花莲县中央山脉丹大山支脉之拔子山。主要支流有木瓜溪，寿丰溪，万里溪，马鞍溪，光复溪。流域面积1507.09平方公里，干流长度57.28公里，洪水流量16600秒立方米。平均坡度为1 : 285，流经花莲县吉安乡，寿丰乡，万寿乡，凤林镇，光复乡，秀林乡，万荣乡，花莲市。出海口有花莲溪出海口自然生态保护区，北起阿美文化村北侧防波堤，南至台十一线八公里处，也就是花莲溪出海口约五百公顷的范围区内。花莲溪口位处河、海、山交界处，也正是生态交会处，物种资源丰富，计有一百七十种鸟类，十九属二十二种鱼类。