花莲溪发源于台湾岛花莲县中央山脉丹大山支脉之拔子山。主要支流有木瓜溪,寿丰溪,万里溪,马鞍溪,光复溪。流域面积1507.09平方公里,干流长度57.28公里,洪水流量16600秒立方米。平均坡度为1 : 285,流经花莲县吉安乡,寿丰乡,万寿乡,凤林镇,光复乡,秀林乡,万荣乡,花莲市。出海口有花莲溪出海口自然生态保护区,北起阿美文化村北侧防波堤,南至台十一线八公里处,也就是花莲溪出海口约五百公顷的范围区内。花莲溪口位处河、海、山交界处,也正是生态交会处,物种资源丰富,计有一百七十种鸟类,十九属二十二种鱼类。