南京医科大学医政学院得名于南京医科大学的前身“江苏省立医政学院”。1934年建校时即有卫生行政管理、卫生教育及医科专业，是我国最早从事卫生事业管理教育的院校。2002年7月，为了加强学科建设，调整专业结构，学校决定在原社会科学部和公共事业管理系的基础上组建而成新的医政学院，成为南京医科大学14个二级学院之一。医政学院现有社会科学部、公共事业管理系以及卫生事业管理研究培训中心与生命伦理学和法应用研究中心，南京医科大学心理健康教育与研究中心挂靠在学院。
目前学院教职工 45名，其中专任教师35名。高级职称教师18名。其中有博士11名，硕士18名。1人进入江苏省"青蓝工程"。近三年，学院共发表论文约200篇，承担各级科研课题20余项，出版学术著作4部，主编参编教材15部，获各类教学、科研奖项17人次。学院是江苏省最早招收卫生管理专业人才的单位，目前公共管理本科专业分设卫生事业管理、卫生法学、医药贸易与管理3个专业方向，卫管专业开办10年来累计招生800人，目前在校本科生428人。
经过十余年的发展，学院学科建设整体水平不断提高，逐渐形成了以思想政治教育学科为基础、社会医学与卫生事业管理学科为重点、医学人文学科为特色的三大学科群。学院现有社会医学与卫生事业管理、思想政治教育两个学科的硕士学位授予权。其中，社会医学与卫生事业管理学科硕士点自2003年起招收卫生法制管理、卫生服务、医疗保障、人力资源管理、医院管理等方向的研究生。目前在校研究生34人，已毕业研究生20人。
近年来学院围绕学科建设为中心，不断加强国际交流与合作。在卫生经济、医疗保障、卫生法学、历史学等研究方向上展开多层次的横向合作。包括英国发展研究所、越南卫生部、澳大利亚昆士兰科技大学卫生与健康学院、美国霍普金斯大学、加拿大麦吉尔大学、瑞典卡洛琳斯卡大学、纽约德鲁大学、台湾中山医科大学等国家和地区的有关院校和研究机构在有关卫生事业管理、医学人文的教学、人才培养、课题研究等多方面有着密切的联系、交流与合作。
