南京医科大学第二临床医学院于2007年1月19日新设立在南京医科大学第二附属医院，坐落于南京挹江门明城封闭墙边美丽的小桃园湖畔，环境优美，与著名的阅江楼遥相守望。
学院与医院实行一体化管理，医院占地面积 28520平方米，建筑面积52044平方米。医院分本部与东院，共有开放床位近千张，是南京医科大学临床教学基地和江苏省首家全科医师培训基地。医院设有40个临床科室，20个医技科室，10个教研室。其中，消化医学中心系国家级内镜诊疗技术培训基地，南医大内镜研究所也设在该中心，儿科、内分泌科、消化内科为江苏省省级临床重点专科；消化内科和肿瘤科为南医大“十一五”期间的重点学科，神经内科、妇产科、普外科、烧伤整形外科等均在省内外享有较高声誉。医院现有高级职称122人、中级职称239人；博士21人、硕士70人；硕士生导师28人；享受国务院特殊津贴7人。
