温州医学院口腔医学院前身是2000年创建的口腔医学系，2002年成立口腔医学院。温州医学院口腔医学院、附属口腔医院实行两位一体的管理体制，是一所集医疗、教学、科研于一身的浙江省口腔医学高等教育基地，其宗旨是培养德才兼备的高级口腔医学专门人才，普及和提高牙病及口腔颌面部疾病的防治技术水平。2002年开始招收硕士研究生，同年12月，口腔医学专业被确定为温州医学院重点建设专业和重点扶植专业。
口腔医学院担负着温州医学院口腔医学专业本科学生临床教学及培养工作，师资力量雄厚，教学设施及手段先进。学院现有专业教师37名，其中副高职以上职称22人，硕士生导师3名。
学院下设口腔内科、口腔外科、口腔修复、口腔正畸、口腔基础五个教研室和口腔医学实验中心，实验中心下设六个实验室和两个研究室，其中综合实验室全部选用目前世界上最先进的德国产KAVO教学用仿真头模系统主体及配套设备，硬件设施达到国内一流。
近年来，学院承担包括省自然科学基金在内的省、厅、市级科研项目，多项科研项目获省政府、省教育厅科技进步奖。
附属口腔医院是华东地区目前规模最大的现代化口腔专科医院之一，拥有众多的现代化医疗设备和先进的诊治手段，有牙科综合治疗台43张，医院设有8个临床科室，技术力量和科研力量雄厚，为口腔医学各个临床学科的教学活动提供了坚强的后盾。
