福建医科大学基础医学院成立于2001年1月，前身是基础医学部，始建于1959年。学院承担着全校各专业基础医学和部分公共基础课程的教学任务，以及临床医学七年制和五年制1-3年级以及临床医学专升本1年级学生的教育管理工作。学院新增临床医学（临床病理学方向）专业2007年开始招生。新增四年制英语（医务英语方向）专业，2008年秋季开始招生。
学院拥有一支结构合理、素质优良的师资队伍。现有教职工273人，专任教师190人，其中教授24人，副教授50人，博士生导师9人，硕士生导师41人。专业基础教师队伍中，有博士学位29人、硕士学位85人，硕士学位以上占教师数62.96%；在读博士18人，在读硕士22人。享受国务院政府特殊津贴的专家9人；全国优秀教师1人；福建省高等学校教学名师1人；1支省高校创新团队；入选“百千万人才工程”人选12人；校学科带头人培养对象20人；校青年骨干教师42人。
学院积极进行教学改革，以学院成立为契机，对基础医学二级学科进行调整和建设，由原来教研室建制改成以学科系（部）建制。学院现设有人体解剖与组织胚胎学、生理学与病理生理学、病理学、病原生物学、免疫学、生物化学与分子生物学、细胞生物学与遗传学等7个学系以及数理与计算机学、外语等2个教学部。建有福建省基础医学实验教学示范中心，下设机能学科综合实验室、形态学科综合实验室、生物化学与分子生物学实验室、病原生物学综合实验室、人体解剖学综合实验室等5个教学实验室。进一步推动了实验教学内容和教学手段的改革。
学院坚持以学科建设为重点，狠抓科研基地和学位点建设，先后建立了分子医学、细胞与发育工程、神经生物学等3个研究中心，推动了学院的科研工作，学位点数也逐年增加。目前，学院在肿瘤分子生物学、感染与免疫分子生物学、神经分子生物学等方面的研究形成了自己的特色和优势。学院拥有病原生物学、病理学与病理生理学等2个博士学位授权点，10个硕士学位授权点，培养范围涵盖了基础医学和生物学2个一级学科。学院还拥有省级“211”重点学科――分子医学；4个省级重点学科――病原生物学、病理学与病理生理学、人体解剖与组织胚胎学、生物化学与分子生物学；4门省级精品课程――病理学、解剖学、生物化学、生理学；2门省优质硕士学位课程――医学分子生物学、高级病理学；4门省优质硕士学位立项建设课程――临床应用解剖学、高级生物化学、分子病毒学、免疫学。学院有肿瘤研究室、基因工程研究室以及福建省生殖医学工程中心等科研机构。近五年，学院承担国家级、省级、厅级科研项目120多项，其中国家级和省级重大科研项目18项；有18项科研成果奖，其中省科技进步二、三等奖13项。
