中国中医科学院中医基础理论研究所是在原中国中医研究院中心实验室的基础上建立起来的，是全国惟一一所主要从事中医基础理论研究的国家级研究所。
建所二十年来，从中医学的科学观念和理论体系出发，采用传统和现代相结合的方法，坚持中医基础理论学科建设，开展系统、深入的中医基础理论研究和中医学方法论研究，继承和发展中医学理论体系，运用传统研究方法和现代科学技术手段，在优势和前沿领域进行深入、系统的中医基础理论研究；探索建立适于中医基础理论研究的方法和手段，致力于促进中医基础理论的创新和突破，带动中医药学术整体研究水平的提高和发展。
先后承担和完成了国家“七五”、“八五”、“九五”、“十五”攻关项目，国家“攀登计划”项目及国家自然科学基金会、卫生部、国家科委、国家中医药管理局课题多项，先后获得多项科研成果。2001年被批准为国家中医药管理局中医基础理论重点学科建设单位。
设有5个中医基础理论研究科室（藏象学研究室、病因病机学研究室、诊法与证候研究室、治则治法与养生学研究室、中医学方法论研究室）和3个研究中心（中医基础实验研究中心、中医方证基础研究中心、中医药防治病毒性疾病基础研究中心）。主办的《中国中医基础医学杂志》为国家中医药管理局直属重点期刊。
