复旦大学附属儿科医院(原上海医科大学附属儿科医院)是卫生部属、三级甲等、集医教研为一体的综合性儿童专科医院。创建于1952年，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并而成。是全国儿科学重点学科、国家"211工程"建设单位。是最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学（儿科学组）博士后流动站的单位。医院曾多次被评为上海市文明单位。
医院目前核定床位330张，日均门诊量约3000-3500人次，年住院15000人次以上，平均住院天数9.3天。现有在职职工800余人，博士生导师16名，硕士生导师18名，高级职称专家95人。是中华医学会儿科学分会副主任委员单位，有16人在医学会儿科相关的学组及其他全国性医学专业组织中担任领导职务。拥有全国“长江学者奖励计划”唯一儿科学组特聘教授1人。
医院专业设置齐全，是上海市第一家小儿涉外特需医疗中心和亚洲国际救援中心。呼吸急救专业是上海市医学领先专业重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症诊治中心，还设有上海市性早熟中医特色门诊。共有39个临床和医技科室，主要专业涉及儿内科（新生儿、呼吸、消化、血液、肾脏、神经、内分泌、免疫、遗传等）、儿外科（普外、泌尿、骨科、新生儿外科、肿瘤、神经外科）、心血管中心、传染科、急救科、麻醉科、中医科、耳鼻喉科、眼科、皮肤科、口腔科和儿童保健及康复科等。为适应临床发展需要，先后设立了疑难病诊治中心、癫痫中心、遗尿中心、哮喘诊疗中心、小儿微创外科中心、复旦大学小儿肾脏病和泌尿系统疾病诊治中心。医院拥有先进的医疗检测设备和检验技术，为一流的诊疗提供技术保障。
复旦大学上海医学院的儿科系设在儿科医院，承担研究生、本科生、进修生等教学任务，每年在读研究生近130名，进修生100余名。医院实行住院医师规范化培养，是全国儿科医师规范化培养的重要基地。每年举办国家级继续教育学习班15期。承担中美基金会（CMB）全国基层医院医师急救培训项目。
复旦大学儿科研究所为科研工作的重要研究基地，医院新生儿专业和心血管专业先后领衔主持"七五"、"八五"、"九五"和"十五"国家攻关课题研究，在国内率先运用肺表面活性物质、一氧化氮吸入技术治疗呼吸衰竭；并运用亚低温等先进技术治疗缺血缺氧性脑损伤；成功开展了肝、肾移植和各类危重疑难手术，在国内率先应用连续血液净化新技术喜获成功，为研究多脏器功能衰竭奠定基础。目前承担国家级科研项目10项，省部级科研项目15项。曾获国家科技进步奖三等奖1项，省部级科技进步奖10项以及上海市科技进步奖共计50余项。每年发表科研论文100余篇，多次获得全国中青年优秀论文一等奖。被SCI收录论文数达127篇，2000年全国排名第19位，列全国专科医院首位。医院高度重视对外学术交流，每年外宾来我院讲学50余次，出国访问讲学和参加国际会议论文交流20余人。医院先后与美、英、法、加、日、德等十多个国家与地区的医学
机构建立了友好协作关系。二次成功举办上海市儿科国际学术会议，多次出色承办亚太等地区性内分泌、肾脏病、川崎病学班和研讨会。2004年4月与加拿大全国新生儿协作网联手，开办“中加高级新生儿医师培训班”，由加拿大专业医师来院执教，是亚太地区首个高级新生儿医师培训基地。
在各级政府领导关心和大力支持下，复旦大学附属儿科医院于2004年9月28日在上海闵行区开工、新建21世纪最具标志性的现代化的儿童综合性医院。新院占地面积160亩，总建筑面积7139平方米，核定床位450张。新医院充分体现智能、合理、经济、节能、绿色环保的建筑和管理理念，是真正为儿童提供优质、高水平的医疗保健服务中心。同时在枫林路原址保留相当规模的门急诊部和儿童医疗国际部，以适应上海市区域卫生规划的需要，为徐汇区枫林生命科技园区建设做出应有的贡献。
该院在《2007全国医院排名》中儿科排名名列第五
