明代时，漠北的蒙古部族间发生纷争，乌珠穆沁山下的蒙古人被迫南迁漠南。他们看中了大兴安岭以西、宝格达山以南的草场，即在此驻牧下来。世宗嘉靖年间，头领翁衮都喇尔诺颜将所辖部落，沿用此名称，始定名为，号乌珠穆沁部，这就是现代乌珠穆沁草原名称的由来。翁衮都喇尔在政治舞台上曾经十分活跃，几乎参加了图们汗组织的所有军事活动。到目前为止，对于乌珠穆沁部当时的驻牧地，还不能确定。17世纪，后金太祖（努尔哈赤）年间，乌珠穆沁部落首领道尔吉与林丹汗不合，率所部迁到克鲁伦河一带驻牧。崇德元年（1636）归附满清。
清朝崇德年间（1636—1643年）设乌珠穆沁左、右两翼旗，直沿至民国年间。左翼扎萨克（执政王）驻在鄂尔虎河（乌拉盖河）畔之奎苏陀罗海（乌拉盖苏木东北）。1945年东乌珠穆沁旗6个苏木在西乌道尔吉王和其弟东乌扎萨克带领下与乌兰夫部冲突兵败，北迁蒙古国，两年后驻牧于蒙古国道尔诺特省克鲁伦河附近，至今游牧于布日干等三个苏木中。原东乌珠穆沁旗只剩下今天的乌拉盖、额仁高比等两个半苏木人口。新中国成立后，改称东部联合旗（东乌、西乌），1956年分设为东乌、西乌两个旗（约一半西乌人口、地域并入东乌珠穆沁旗）。