根据记载，神武十五岁立为太子，并娶吾平津媛为妻。四十五岁时与诸皇子商讨东征之事，该年（甲寅年）十月即横渡濑户内海，意图征服东土。历经半年的旅程，途中经筑紫、安艺、吉备等地，终于河内国登岸。
这时大和国的土豪长随彦因恐惧皇子入侵，遂于孔舍卫阪率兵迎战。激烈的战事中，磐余彦尊会神领悟到身为日神之后裔不应向日征讨，于是向后撤军，改由纪伊绕道进军，途中，五濑命于前次战役中箭受伤，不久伤重身亡。之后在海上遇到暴风雨，稻冰命和御毛沼命以身殉海以求平安，仅剩磐余彦尊一人继续前进。最后，他在熊野的荒阪津登陆，却因误杀邻近居民而遭神惩罚，全军中毒而不得前进，幸赖武瓮雷神赐布都御魂剑始能行军。之后又在前往中洲的山中迷路，幸赖八咫乌指引，方抵达目的地。