学校始建于1962年，原名为南京市唐山路中学，后与中山桥中学合并，更名为南京市第四十一中学。1984年南京市政府决定恢复南京师范专科学校并设校址于此。为了支持师专办学，学校停办了高中，并于1985年更名为南京师范专科学校附属中学。因南京市教育布局调整，南京师范专科学校升格为南京晓庄学院。为沿袭历史，同时引入名校的优质教育资源，经南京市人民政府批准，学校于2006年3月又更名为南京晓庄学院附属中学，并增挂南京市第一中学分校校牌。
该校是南京市教育局直属唯一的独立初中学校，校训为“厚德崇真”。学校现有20个班级，学生近900人，教职工92人。校领导班子年轻有为,勤政廉洁,锐意进取,各项工作取得了长足发展,教师队伍德能双馨。近几年,学校先后被评为“江苏省实施教育现代化工程示范初中”，“江苏省文明单位”，“南京市德育先进学校”，“南京市心理教育实验学校”，“南京市三八红旗集体”，”江苏省巾帼示范岗”,理、化、生实验室跻身“南京市先进实验室”行列。2006年学校被批准为南京市小班化教育实验学校，现在，学校全面实施小班化教学，推行“自主、互助”新的课堂教学模式，强调发挥学生的主体作用。学生座位秧田式变成圆圈式，实行“15+30”课堂时间，老师讲授时间一般不超过15分钟，而学生自主学习讨论的时间为30分钟左右。老师精心编制“导学条”，它不同于教案、学案、练习卷、学习提纲等，内容由学习目标、学法建议、探究重点、反馈提升四部分构成。每个小组就围绕“导学条”进行讨论，极大地提高了学生的学习兴趣。经过一段时间的探索，取得了令人瞩目的成绩，三个年级在下关区统考中均名列前茅，教学业绩誉满城北。
