微生物无处不在，如土壤中、淡水中、海水中，乃至海底下、空气中均有。每天我们都在吃入、饮入和吸入微生物。但是，尽管微生物似乎是到处都有，人体却罕有被其侵犯并繁殖后引起感染的。甚至当他们引起了感染，有时因感染十分轻微而不引起任何症状。相对较少的微生物能直接引起疾病。而大多微生物存在于人体皮肤、口腔、呼吸道、肠道和生殖道（特别是阴道）。一种微生物是否为宿主的无害伴侣或侵犯机体引起疾病取决于微生物本身的特点和人体的防御能力。
菌分类一个健康人同在其身体的特别部位上固定的正常微生物群协调地共同生活。这种占据在人体特定部位的正常菌群，被称为常住菌群。不仅不引起疾病，常住菌通常还保护人体免受病原菌的侵犯。如果这种协调被打乱，常住菌能努力重建其自身的位置定殖。微生物定殖在宿主数小时或数周而不能永久性定居者，称为暂住菌。
环境因素——如膳食、环境状况、空气污染和卫生习惯可影响一些菌种成为人体常住菌。例如，乳酸杆菌是摄入大量乳制品的人肠道中普遍生活的常住菌，而流感嗜血杆菌则通常定植在有慢性阻塞性肺疾患病人的气道。
在某种情况下，作为机体常住菌的一些微生物亦可引起疾病，如化脓性链球菌可以寄居在咽喉部而不引起危害，但当机体防御能力减弱或链球菌为特别的毒株，它就可引起链球菌咽峡炎（喉部感染）。类似地另外的一些常住菌亦可因宿主的防御屏障被破坏而得以侵犯机体引起疾病。例如，患有结肠癌的病人，就易于受到正常生活在肠道的细菌的侵犯，这些微生物能经血播散和感染心脏瓣膜。接触大剂量的射线亦能引起这些微生物侵入机体并引起全身性感染。
微生物和机体间相互关系人体和微生物间可出现三种相互关系：
共生：微生物和机体在相互受益的情况下共生；
共栖：微生物和机体在彼此无害下共同生存；
寄生：微生物在此种方式下获益，而机体受害。绝大多数微生物中的细菌和真菌具有共生和共栖关系。
