由来根据北京市机构编制委员会《关于北京市人民政府“2008”工程建设指挥部及办公室更名等有关事项的批复》(京编委〔2009〕1号)，设立北京市重大项目建设指挥部办公室(正局级，简称市重大项目办)。
一、主要职责(一)组织编制本市城市轨道交通工程项目和市政府交办工程项目(以下简称重大项目)建设总体计划，并督促检查计划执行情况。
(二)协调有关部门和单位推进重大项目的规划、征地、拆迁等前期工作；协调市政府有关部门按总体计划要求在项目建设各阶段加快办理各项行政审批手续。
(三)协调、解决重大项目建设中的重大问题；协调落实工程建设安全、质量、工期、功能和成本“五统一”要求；承担为建设单位及各参建单位服务的职责。(四)协调市政府主管部门监督重大项目建设各方贯彻落实有关安全生产、工程质量、资金使用、招标与采购、合同履行等方面法律法规，落实“阳光工程”的各项要求；参与重大项目建设工程事故应急工作。
(五)参与重大项目年度资金使用计划的编制，协调、落实资金计划的执行。
(六)组织推动新技术、新材料、新设备、新工艺在重大项目建设中的应用。
(七)组织协调重大项目的竣工验收、竣工结算和决算工作。
(八)负责重大项目建设信息的收集、整理、统计和管理工作。
(九)受委托负责中央单位在京重要建设项目的组织实施。
(十)承担北京市重大项目建设指挥部的具体工作。
(十一)承办市政府交办的其他事项。
二、内设机构根据上述职责，市重大项目办设9个内设机构。秘书行政处负责本单位政务工作；负责文电、会务、机要、档案等日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、安全、保密、政府信息公开、宣传等工作；负责市领导同志批示件的督查反馈工作；承担重要文稿的起草工作；承担重要事项的组织和督查工作；负责后勤保障工作。综合处组织编制本市城市轨道交通建设总体计划、年度计划；指导建设单位建设计划的编制与调整，监控建设计划的执行，并汇总分析有关情况；承担市政府交办工程项目的建设协调工作；受委托负责中央单位在京重要建设项目的组织实施。轨道一处 轨道二处以上两个处的主要职责是：负责协调本市城市轨道交通工程项目的建设；协调有关部门和单位推进城市轨道交通工程项目的规划、征地、拆迁等前期工作；督促落实各条线路建设计划、施工计划的编制，并监控计划实施；协调解决建设中的问题；组织建设单位以及各参建单位、有关部门开展城市轨道交通工程项目联合验收和移交工作。市政设施处负责协调本市城市轨道交通工程项目涉及的以及市政府交办的市政基础设施的建设；协调推进有关前期工作；督促落实各项目建设计划、施工计划的编制，并监控计划实施；协调解决建设中的问题；组织建设单位以及各参建单位、有关部门开展城市轨道交通工程项目涉及的以及市政府交办的市政基础设施项目联合验收和移交工作。安全质量处协调、督促重大项目各参建单位贯彻落实国家及本市有关安全生产、工程质量和文明施工的法律法规要求；参与制定有关生产、消防、治安保卫方面的安全管理办法和应急预案；会同有关部门开展综合检查和专项检查活动；参与重大项目建设工程事故应急工作。科技处组织协调重大项目建设科技应用工作；推动新技术、新材料、新设备、新工艺的应用；负责联系专家顾问考察、论证和评估工作，组织有关技术交流活动；组织协调重大项目建设中的重大技术问题。财务预算处协调、落实重大项目建设资金渠道、资金计划及资金拨付等工作；协调重大项目的竣工结算和决算工作；负责编制部门预决算，管理本单位财务及国有资产。人事处负责本单位的人事、机构编制等管理工作。机关党委负责本单位的党群工作。
纪检、监察机构按有关规定派驻。
三、人员编制市重大项目办行政编制57名。其中：主任1名，副主任3名；处级领导职数10正(含机关党委专职副书记1名)9副。
四、其他事项市重大项目办不替代市政府职能部门的工作。市政府相关职能部门按照“三定”规定和职责分工依法负责本市重大项目建设的有关行政管理工作。建设单位为工程项目的第一负责人，对投资效益、安全生产、工程质量及工程建设的全过程负责，依法承担相应的经济责任和法律责任。
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