1982 年经国家科委批准在北京医学院卫生系北京医学院卫生系儿童少年卫生学教研室建立北京儿童青少年卫生研究所，叶广俊教授任所长。 2000 年 3 月，北京医科大学与北京大学合并，更名为北京大学儿童青少年卫生研究所。
该研究所是目前唯一的全国性儿童青少年卫生 / 学校卫生研究机构，承担全国儿童青少年卫生学及学校卫生的学科带头作用；它是国家教育部、卫生部、妇联、计生委、体育总局、民委、科技部等行政部门相关儿童青少年卫生和学校卫生的业务对口单位。自研究所成立以来，一直承担全国性儿童青少年卫生与学校卫生专业政策法规起草、科学研究、技术指导、业务咨询及专业技术人员培训等任务。研究所下设 7 个研究组： 生长发育、儿童营养、心理卫生、青春期内分泌及生殖卫生、健康教育与健康促进、学校卫生标准、学校卫生管理与疾病控制。 现职工作人员 22 人。其中教授 3 人、副教授 3 人。
儿童青少年卫生研究所为本科生开设儿童少年卫生学，儿童生长发育及健康教育，成年期常见疾病早期预防和青春期生殖健康与危险因素； 为研究生开设学校健康教育和健康促进、高级儿少卫生学、青春发育学等课程。 1978 年批准为硕士点， 1980 年批准为博士点， 1994 年招收博士后。研究所至 2003 年共培养 硕士学位研究生 37 名，博士学位研究生 28 名， 留学生 3 名， 博士后研究人员 3 人。截止 2004 年 5 月，各类研究生在读人数 29 人，其中博士研究生 11 人。
主要科研方向有生长发育及其影响因素、双生子身心发育比较、出生缺陷在学龄儿童青少年的筛查、诊断和防治研究、成年期疾病的早期预防、学生体质健康监测网络建设 、学生常见病预防等。研究所目前承担国家自然科学基金课题、国家科技部 973 重大攻关课题和 横向合作项目 共 24 项。
目前挂靠在 研究所的 机构有 8 个，分别为： 国家疾病控制与预防中心儿少卫生 / 学校卫生分中心； 教育部中国学生体质健康监测中心； 教育部预防艾滋病学校健康教育培训基地；教育部学校卫生人员培训基地；卫生部学校卫生信息中心；全国学校卫生标准技术委员会；中华预防医学会儿少卫生专业委员会；北京预防医学会儿少（青）专科学会。北京大学儿童青少年卫生研究所与世界卫生组织、联合国儿童基金会、联合国教科文组织、艾滋病规划署、世界银行等国际组织保持密切合作关系。儿少所先后与 20 多个国家和地区的大学及研究机构进行了多项学术交流，并与相关的国内、国际组织进行了多项合作。
现任所长：季成叶 教授，妇女与儿童青少年卫生学系副主任
常务副所长： 马军 教授
副所长 ： 马迎华副教授
