科学出版社科学人文出版中心下属科学人文分社、文物考古分社和外语分社三个分社。
科学人文分社是国家科技政策、科普和科学文化出版的重镇。其主要出版方向为：中国可持续发展的理论、战略研究和普及读物；国家科技政策和科技发展战略；科技史、科普与科学人文著作以及生活保健读物。已出版的重要系列出版物有：路甬祥主编《中国可持续发展总纲•国家卷》、李约瑟著《中国科学技术史》、卢嘉锡主编《中国科学技术史》、《20世纪科普经典特藏》、《中国科学院科学与社会系列年度报告》、《环球科技丛书》、张景中院士主编《好玩的数学丛书》、《体验新科学丛书》、《物理改变世界丛书》（荣获国家科技进步奖）、《科学大师人生系列》、《生活与科学文库》、《新健康大系》、《医学博士信箱丛书》和《国家级名医通俗讲座系列》等。
文物考古分社是国内仅有的两家出版文物考古类专业图书的出版机构之一。其主要出版方向为：考古发掘报告，出土文献资料和有关文物考古的研究论著、文集和译著；国内外博物馆和其他收藏单位重要藏品的文物图录；文物保护和相关科技研究的论著、文集；文化遗产与大遗址保护的图书；与文物考古相关的工具书、参考书、教材和普及性读物以及上述内容的音像制品。出版的重要图书有：《中国出土瓷器全集》（16卷）、《中国出土玉器全集》（15卷），《郭沫若全集•考古编》（荣获国家图书奖荣誉奖），《三峡文物保护工程项目报告》、《南水北调文物保护工程项目报告》、《北京奥运场馆考古发掘报告》，以及《边疆考古研究》、《科技考古》、《东方考古》、《文物科技研究》、《西域文史》、《西域历史语言研究集刊》、《文物建筑》、《考古学集刊》和《考古学研究》等系列丛书。
外语分社的主要出版方向为：高校教材和教辅、语言学专著、出国考试和国内考试辅导、商务英语以及各类英语读物。已出版重要图书有：《全国翻译专业资格（水平）考试指导教程系列》、《大学英语选修课系列教材》、《外语院校公共课系列教材》、《托福历年全真试题》、《高分新托福系列》、《新GRE官方指南》、《国际雅思真题题源系列》、《托业官方考试指南》、《LiveABC互动英语系列》、《20世纪科普经典特藏》（原著评点版）、《大忙人学英语系列》、《新题型大学英语四级王牌系列》和《汉英口译新词速查》等。
科学人文出版中心坚持社会效益和经济效益并重的原则，出版了一大批精品图书，赢得了社会的广泛赞誉。科学人文出版中心编辑均具备硕士以上学历，队伍年轻、有活力、富有开拓精神。
