原核细胞为了保护自己，选择性地降解外源DNA，可保护个体免于外来DNA（如噬菌体）侵入的系统，主要由和甲基化酶组成的二元系统。
限制内切酶负责降解进入原核细胞的外源DNA，甲基化酶则对细胞自身的DNA进行甲基化，从而保护细胞的DNA，使其不被自己细胞内的限制性核酸内切酶降解。