南京农业大学教务处教育教学管理工作的指导思想是"遵循教育规律，深化教学改革，加强素质教育，培养创新能力，严格教学管理，提高教学质量。"工作的要求是："管理思想有破有立，推陈出新；重点工作有声有色，成绩显著；常规工作有章有法，秩序井然"。 教务处于1993年、1999年连续两次被评为全国优秀教务处。
近年来，围绕教学管理的改革与创新，努力提高教学质量，培养高素质创新人才方面积极开展工作，并形成了自己的特色。
实行弹性学习年限，逐步完善学分制。本科专业学制为四年，学生必须完成专业培养所要求的全部学分方可毕业。对提前修满学分的学生，允许提前毕业；对因特殊原因不能在四年内完成学业的学生，允许延长学习年限。同时，学校为学有余力的学生开设辅修专业，准许学生在主修一个专业的同时，辅修另一专业或跨专业选修课程。对于品学兼优的学生，实行"学-硕连读"制度。
突出实践能力培养，率先把"三文"制度（毕业论文、专业文献综述及社会实践报告）列为实践性教学环节考核的主要内容。要求学生必须按规定完成"三文"，取得相应学分，方能毕业。
鼓励学生创新，实行奖励学分制。鼓励和支持学生在学期间积极参加各类学科竞赛、科学研究、文体活动、社会实践等，对取得突出成绩的学生给予奖励学分并记录于学生成绩档案中。奖励学分可用于抵充相应学分的选修课和选读课的学分，或用于取消相应学分的必修课不及格记录。
实行教学改革奖励条列，加大教学工作奖励力度，推进教学改革立项研究。在对教改项目规范管理的基础上，对于在教改研究工作中取得突出成绩的教师个人给予奖励。在学校政策的导向和扶持下，全校上下已形成了比较浓厚的教学改革氛围。2000年，获得江苏省教学成果特等奖2项，一等奖4项，二等奖5项。2001年获得国家教学成果一等、二等奖各一项。2000年用于奖励教师在教学改革研究和教学基本建设中取得突出成绩的金额共计21万元。
加强基地建设，推进文化素质教育。建立了大学生文化素质教育实施体系，即：建立了"四处一中心"的领导体制，构建了"四位一体"的文化素质教育内容格局，组建了"四室一系"的文化素质教育硬件体系。由于学校领导重视，体系完善，大学生文化素质教育工作成效显著，1999年学校被教育部批准为全国大学生文化素质教育基地。
