清华大学工程物理系是根据国务院的指示，为培养理工结合的新型人才，开创和发展我国的原子能科学技术而于1955年筹办，1956年正式建立的。近五十年来，为国家培养了本科生、硕士生、博士生共六千多人。他们中间有核科技和其他学科的著名专家，有国家政府的领导干部，有国防科技战线上的将军，更有一大批在核工业和其他战线上无私奉献，成绩卓越的无名英雄。
理工结合是该系办学的特色，该系培养的学生不仅物理、数学、外语等基础强，而且工程素质良好。近十年来加强了电子和计算机技术技能的培养，并拓宽了专业面，使毕业生面对迅速发展的科学技术和不断变化的人才需求，有很强的适应和竞争能力。该系已从1993级学生开始实施本硕统筹培养，每年有60%－70%的学生被免试推荐为研究生，用六年时间取得学士和硕士学位；或用九年时间取得学士、硕士和博士学位，其余学生四年本科毕业。
该系现设两个本科专业：即工程物理专业和核工程与核技术专业，每年共招生本科150人。核工程与核技术专业还招收第二学士学位生，每年招收30人。在研究生培养方面，该系设有“核科学与技术”一级学科和下属所有的四个二级学科，其中“核技术及应用”、“核能科学与工程”、“核燃料循环与材料”三个学科被教育部评为全国重点学科，目前在“核科学与技术”一级学科下又增设了“医学物理与工程”和“安全科学与技术”学科方向，2005年，经学校批准，该系增设“物理学”一级学科和下属的“粒子物理与核物理”二级学科，增设“粒子物理实验”、“粒子物理理论”、“光子学与光量子测控”三个学科方向，具有“核科学与技术”以及“物理学”的一级学科博士和硕士学位授予权。近年来，每年招收研究生100多人，还设有“核科学与技术”博士后流动站。
经过近几十年的发展，该系科研工作已经取得诸多瞩目成就，形成发展态势良好的科学研究格局，培养出一支以中青年教师为骨干的勇于探索、不断进取、凝聚力强的科学研究队伍，科研经费及人均科技效益连续几年在清华大学名列前茅。主要研究方向有核技术应用、核燃料循环与材料、核能科学与工程、辐射防护与环境保护、仪器科学与技术、医学物理与工程、高能天体物理、公共安全技术等。近五年来，共获授权专利47项，获省部级以上奖励16项，其中大型集装箱检查系统项目获2003年国家科技进步一等奖及2003年中国专利金奖。
该系现有教职工120人，其中院士2人，正高级职务29人，副高级职务34人；另外还有博士后研究人员25人，校级兼职教授17人，其中10人为中科院或工程院院士。
当前该系正在深化改革，开拓创新，努力建设成为培养创新型、复合型核与安全科学优秀人才的培养基地，为把清华大学建成世界一流的社会主义大学做出自己的贡献。
2006年金秋十月，清华大学工程物理系将迎来五十华诞。
