国家环境保护总局南京环境科学研究所是国家环境保护总局的直属科研院所，以农村生态环境保护、自然生态和生物多样性保护为科学研究方向。开展区域生态环境保护、自然保护、农村环境污染防治和农用化学品污染防治等方面的研究，承担国家科技攻关项目和部省级重点科研项目，开展有机食品认证、ISO14000认证、环境工程、 能源工程、环境影响评价与生态规划以及环境咨询等方面的工作，并在相关领域与国际组织、外国科研机构和基金会开展广泛的合作。
人员构成现有科技人员两百余人，其中高级职称56人，中级职称46人，享受政府特贴14人；工程院院士1人；特聘研究员（院士和外籍专家）8人。
主要工作业绩建所28年来共完全成大、中型项目600余项，获国家、部省级奖38项，出版专著40余部，发表论文600余篇。本所编辑出版的《生态与农村环境学报》被列为全国中文核心期刊。
科技条件科研场所占地2.12公顷、建筑面积1.5万平方米；图书馆藏书数万册，中、外文期刊288种；大型仪器40余台套；所内局域网与国际互联网连通；拥有RS.GIS设备和软件等。
国际合作270多人次出访30多个国家和地区，来访国外学者300余人，培训外国学员100余人，与十多个国家的科研机构与组织以及联合国环境开发署、世界银行、亚洲开发银行等国际组织建立了良好的合作关系。
