根据党中央、国务院关于加强注册会计师和企业高级财务管理人员培养的精神，上海国家会计学院于2000年9月正式组建。学院是财政部直属事业单位，由财政部和上海市人民政府双重领导，实行董事会领导下的院长负责制。国家会计学院董事会由财政部，中组部，国家发展改革委，国资委，商务部，教育部，人事部，中国人民银行，审计署，国家税务总局，证监会，银监会，北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、厦门市人民政府，上海市财政局、厦门市财政局，清华大学，厦门大学，上海财经大学等单位的有关领导组成，财政部部长金人庆任董事会主席。
上海国家会计学院是三所国家会计学院之一，另外两所为厦门国家会计学院、北京国家会计学院。
学院校区位于上海市青浦区徐泾镇蟠龙路200号，占地面积520亩，建筑面积约为5.9万平方米，一期工程建设总投资5.2亿元人民币。校园三面环水，景色怡人，绿化覆盖率高达64.6％。学院教学设施国际一流，拥有按照国际职业继续教育规定设计的教学楼、信息中心、文体中心、会议中心、客房和餐厅等，建有宽带信息网络系统，提供各种信息环境和多媒体教学环境，可同时容纳1000人在校培训。学院在上海财经大学中山北一路校区还设有培训分部。
以建设“高层次、国际化、数字化”的继续教育基地为目标，上海国家会计学院在教学上积极发展国际合作，从国内外广聘著名专家，研究开发适应我国高级经济管理人才培养的专业课程，针对不同企业和政府机构的需求，进行客户导向的课程设计，开展形式多样、以财务管理和会计为主的教育培训。学院的主要培养对象是：国有大中型企业高级财务主管（财务总监、总会计师等）、中介机构人员和中国注册会计师、外商投资企业高级财会人员、准许进入中国会计市场的外籍注册会计师以及政府宏观经济管理部门的高级经济管理人员。此外，学院还开发面向社会大众的网络财会教育课程，并提供高级财务与会计英语培训服务。
上海国家会计学院也是我国政府倡议建设，由中国政府和世界银行联合主办的APEC金融与发展项目秘书处所在地和该项目在中国国内的培训基地。
