合肥市卫生局是合肥市人民政府主管全市卫生工作的职能部门。
主要职责包括：
1、编制全市卫生事业发展规划，制订全市区域卫生规划。负责管理市属医疗卫生单位，指导区、县卫生行政部门业务工作。
2、依法对社会公共卫生、劳动卫生、食品等行使监督管理职权，核发许可证；对重大疾病及疫情等实行监测，指导实施儿童计划免疫。
3、制订全市医学科研发展规划，组织科研攻关、成果鉴定、技术开发及成果推广；培养卫生技术人才；开展与国外医药卫生科学的技术交流和合作以及对外医疗援助工作。发展农村卫生事业和社区卫生服务。贯彻中西医结合的方针，发展中医事业。
4、贯彻预防为主的方针，重点控制传染病、地方病，努力降低发病率；开展爱国卫生运动，负责卫生宣传和全民健康教育；会同有关部门组织开展创建卫生城市活动，努力改善城乡卫生面貌。
5、制订全市初级卫生保健和妇女、儿童保健发展规划和年度计划并监督实施。负责发放《母婴保健技术服务执业许可证》、《母婴保健专项技术考核合格证书》。负责市委保健委确定的保健对象的医疗保健工作。
6、宣传贯彻《中华人民共和国红十字会法》、《中华人民共和国献血法》及有关的法律法规，指导开展红十字会各项工作和推动无偿献血。
7、负责全市卫生医疗救护管理工作，遇有重大突发事件和自然灾害，在市政府统一领导下，组织调度全市卫生技术力量，协助有关部门抢救伤病员，防止和控制疾病的发生、蔓延。
