永禄二年（1559）八月，结城政胜病逝，养子晴朝继任家督。翌年，小田氏联合佐竹、宇都宫三家一齐进攻结城城，最后两军在城下议和。然而此时关东的形势又发生了变化，在扇谷、山内上杉两家没落之后，“越后之龙”也开始涉足关东。永禄四年，长尾景虎接受来自佐竹氏的请求，奉关东管领·上杉宪政之命出兵关东。三月，景虎率领北关东诸将组成的联军包围了北条氏的小田原城，但一个半月以后被迫退兵。翌年闰三月，景虎在镰仓鹤冈八幡宫正式继承关东管领之职，并接受上杉宪政的“上杉”姓和“政”字而改名为上杉政虎，与此对应，北条氏康却奉古河公方之命来对抗关东管领，关东的局势还是由两大对立势力控制着。
当长尾景虎在镰仓继任关东管领的时候，上杉方在《关东幕注文》中记下了来参加此次仪式的关东诸将名单，在名单上面并没有结城氏，这是因为他一直在拥戴古河公方，而且正与那须氏、壬生氏一起和北条氏站在同一阵线。结城氏以前的盟友小山氏、山川氏、水谷氏、多贺谷氏却全都跑到了上杉一方。其实在提倡“尔虞我诈”的战国时代，“盟友”这个词自然要看的淡一些。永禄十二年(1569)，为了压制甲斐的武田信玄，北条氏康与长年敌对的上杉辉虎（上杉政虎）和好，并结成短暂的“越相同盟”，而此时古河公方的家主足利义氏是北条氏康的外甥，并且已经彻底成为北条氏的傀儡。结城氏不断在两个派系之间摇摆，天正二年（1574），由于看到上杉氏的实力仿佛更强一些，结城氏最终脱离了与北条氏的联盟。
天正六年三月（1578），上杉谦信在春日山城病逝，但关东的平衡仍然没被打破，结城晴朝与宿敌佐竹、宇都宫氏一起对抗北条氏。天正十二年(1584)，佐竹义重在下野沼尻与北条氏直对阵的时候，结城氏也参加了此次战斗，在诸多小大名的共同努力下，北条氏最终也未能实现独霸关东的梦想。
在结城氏等众大名与北条氏抗争之时，近畿的局势发生了很大变化。天正十年(1582)，织田信长与德川家康联手消灭了甲斐武田氏，加速了天下统一的进程，虽然织田信长同年在本能寺被杀，但继承了信长基业的羽柴秀吉在转瞬间平定了中国、四国和九州。天正十七年（1589）春,结城晴朝主动向秀吉示好，并派遣家臣水谷胜俊和多贺谷安艺抵达大坂，同时请求将丰臣秀吉的一位一门众招为女婿，但此事并未成行。翌年，丰臣秀吉率大军征讨小田原的北条氏，结城晴朝借机臣服于丰臣氏而得以保全了领地。同年七月，晴朝再次派家臣向丰臣秀吉提出请求，于是秀吉同意让养子秀康（德川家康的次子）与晴朝的养女结亲。七月十四日，秀康奉命进入结城城成为结城氏的女婿，晴朝也就此隐居，将家督之位让给秀康，结城氏也通过此举和丰臣、德川两家同时建立了姻亲关系。其实晴朝早在天正五年(1578)就已经把宇都宫广纲之子结城朝胜收为养子，在结城秀康到来之后，可怜的朝胜就被赶出了家门，而另一名养子水谷胜俊也成为结城秀康的家臣。
天正二十年（1592），丰臣秀吉派兵入侵朝鲜，结城秀康于同年二月二日率军前往参战，但此后一直驻扎在肥前名古屋，并未赴朝参战。翌年，丰臣秀吉将名义上仍然是自己养子的秀康正式过继给结城氏。
庆长五年（1600）九月，“关原之战”爆发，结城秀康从属于德川家康的东军，并被留在关东负责防备上杉景胜，虽说此次结城氏一仗也没有打，但是结城秀康毕竟是家康的亲儿子啊，战后他被转封到越前北之庄城，领地知行达六十八万石。翌年，结城一族离开了十余代人世代所居的下总国移居越前。庆长九年（1604）八月，结城秀康恢复松平本姓。庆长十二年（1607）四月，秀康病逝，嫡子忠直继任家督，同时遵照秀康的意愿，秀康的五子直基继承结城氏，所领为越前胜山三万石，但是直基后来也恢复本姓松平，而跟随秀康前往越前的结城晴朝也于庆长十九年（1614）七月二十四日病死，结城氏嫡流的家名就此断绝。
