主体间性概念的最初步的涵义是主体与主体之间的统一性，但在不同的领域中，主体间性的意义是有差异的。
在主体间性概念的形成历史过程中，事实上涉及了三个领域，从而也形成了三种涵义不同的主体间性概念，这就是：社会学的主体间性、认识论的主体间性和本体论（存在论、解释学）的主体间性。
1 .社会学（包括伦理学）的主体间性是指作为社会主体的人与人之间的关系，关涉到人际关系以及价值观念的统一性问题。其最早在伦理学领域内提出。近代、现代的哲学家在个体价值独立的基础上继续在伦理学的领域探讨这个问题，而且扩展为更为广泛的社会学领域。像康德、黑格尔直至马克思、哈贝马斯等都在社会学领域涉及到主体间性问题。它关涉的问题是人的社会统一性问题。哈贝马斯认为在现实社会中人际关系分为工具行为和交往行为，工具行为是主客体关系，而交往行为是主体间性行为。他提倡交往行为，以建立互相理解、沟通的交往理性，以达到社会的和谐。包括哈贝马斯在内的主体间性理论都具有乌托邦的性质。
2．认识论领域的主体间性意指认识主体之间的关系，它关涉到知识的客观普遍性问题。最早涉及到认识主体之间的关系的是现象学大师胡塞尔。胡塞尔建立了先验主体性的现象学，把先验自我的意向性构造作为知识的根源，这就产生了个体认识如何具有普遍性的问题。为了摆脱自我论的困境，他开始考察认识主体之间的关系。他认为认识主体之间的共识或知识的普遍性的根据是人的“统觉”、“同感”、“移情”等能力。胡塞尔的主体间性概念是在先验主体论的框架内提出的，只涉及认识主体之间的关系，而不是认识主体与对象世界的关系，因此只是认识论的主体间性，而不是本体论的主体间性。梅洛-庞蒂反对胡塞尔的先验现象学，主张知觉现象学，即身体-主体与世界的关系。认识论的主体间性仍然是在主客对立的框架中，仅仅考察认识主体之间的关系，而不承认人与世界关系的主体间性。
3．本体论的主体间性意指存在或解释活动中的人与世界的同一性，它不是主客对立的关系，而是主体与主体之间的交往、理解关系。本体论的主体间性关涉到自由何以可能、认识何以可能的问题。海德格尔后期建立了本体论的主体间性。更为彻底的主体间性理论家是神学哲学家马丁•布伯，此外，雅斯贝尔斯和马塞尔也提出了与马丁•布伯类似的主体间性思想。本体论的主体间性即存在论和解释学的主体间性进入了本体论的领域，从根本上解释了人与世界的关系。
